Evaluación del chip HumanMethylationEPIC v2.0 utilizando muestras de ADN de baja calidad y cantidad

Área de la Ciencia:

• La genómica
• La epigenética
• Biotecnología

Sus antecedentes:

• El HumanMethylationEPIC v2.0 BeadChip (EPIC v2.0) es el estándar para el análisis de metilación de ADN en todo el genoma (DNAm), que requiere ADN de alta calidad (250 ng).
• Los entornos clínicos y forenses a menudo producen ADN de baja calidad (fragmentado, baja cantidad), lo que plantea desafíos para el análisis estándar.

Objetivo del estudio:

• Para evaluar el rendimiento del microarray EPIC v2.0 con diferentes tamaños de fragmentos de ADN y cantidades de entrada.
• Determinar los requisitos mínimos de calidad y cantidad de ADN para un análisis fiable del ADNm utilizando EPIC v2.0.

Principales métodos:

• El rendimiento de EPIC v2.0 probado en muestras de ADN con tamaños de fragmento promedio de 350, 230, 165 y 95 bp.
• Las cantidades de entrada de ADN evaluadas son de 100, 50, 20 y 10 ng.
• Los resultados se compararon con una muestra de control analizada en condiciones óptimas (ADN de alta calidad, entrada de 250 ng).

Principales resultados:

• El rendimiento óptimo (90% de detección de la sonda, r = 0,995, Δβ radius = 0,012) se logra con fragmentos de 350 bp y entrada de 100 ng.
• Los tamaños de fragmento más bajos y las cantidades de entrada redujeron el rendimiento (detección del 43%, r = 0,946, Δβ βάρος = 0,038).
• Las muestras con fragmentos de 95 bp o 165 bp a 10 ng de entrada no superaron el control de calidad.

Conclusiones:

• El tamaño del fragmento de ADN tiene un impacto significativo en el análisis de ADNm de EPIC v2.0, más que en la cantidad de entrada de ADN.
• Se obtuvieron mediciones fiables de ADNm con un tamaño de fragmento de 165 bp y una entrada de 20 ng.
• El ADN altamente fragmentado (95 bp) no es adecuado para el análisis EPIC v2.0, lo que pone de relieve las limitaciones de la tecnología con muestras comprometidas.