Mapeo entre terminologías clínicas y preclínicas: el enfoque de la piedra Rosetta de eTRANSAFE

Área de la Ciencia:

• Informática biomédica
• Investigación traslacional
• Integración de datos

Sus antecedentes:

• La investigación traslacional requiere la integración de datos preclínicos y clínicos, a menudo obstaculizados por terminologías y granularidades dispares.
• El objetivo del proyecto eTRANSAFE era desarrollar herramientas para este reto de integración.
• Los formatos de datos existentes incluyen conceptos clínicos precoordinados y combinaciones complejas de conceptos preclínicos.

Objetivo del estudio:

• Desarrollar y evaluar el enfoque de Rosetta Stone para mapear conceptos preclínicos a conceptos clínicos.
• Permitir una cartografía flexible con diferentes niveles de exactitud entre los diferentes tipos de datos.
• Facilitar la combinación de diversos datos preclínicos y clínicos para la investigación.

Principales métodos:

• Los conceptos de las terminologías preclínicas (Histopatología, SEND, Anatomía Gross del Ratón) y clínicas (MedDRA) se asignaron a SNOMED CT como un intermediario.
• Creación manual de las asignaciones de la TC preclínica a la TC SNOMED, aprovechando las asignaciones clínicas existentes a la TC SNOMED.
• Desarrollo de una plantilla de coordinación para definir las relaciones de mapeo y asignar puntuaciones de penalización por inexactitud.
• Evaluación del mapeo semántico frente a la correspondencia de términos léxicos utilizando un subconjunto de 60 conceptos.

Principales resultados:

• Más de 34.000 conceptos fueron mapeados en SNOMED CT.
• Se creó un servicio de terminología para proporcionar dinámicamente mapas exactos e inexactos.
• El enfoque de Rosetta Stone logró un 95% de precisión en el mapeo, superando significativamente el emparejamiento léxico (22%).

Conclusiones:

• El enfoque de Rosetta Stone utiliza con éxito SNOMED CT para unir los datos preclínicos y clínicos.
• La capacidad de generar mapeos exactos e inexactos aumenta el volumen de datos conectables.
• Esta estrategia de mapeo semántico es valiosa para avanzar en los casos de uso de la investigación traslacional.