Desde el conocimiento experto hasta los recursos de validación: un caso para el uso de enfoques de silicio para...

Área de la Ciencia:

• La genómica
• Biología molecular
• La bioinformática

Sus antecedentes:

• La aplicación clínica de la secuenciación de todo el genoma y de todo el exoma requiere un control de calidad sólido.
• Un número creciente de genes y variantes clínicamente relevantes requiere materiales de referencia completos para la validación de ensayos de secuenciación de próxima generación (NGS).
• Los materiales de referencia físicos existentes son insuficientes para muchos genes ampliamente probados.

Objetivo del estudio:

• Evaluar la disponibilidad de materiales físicos de referencia para las variantes clínicamente relevantes.
• Demostrar la utilidad de los materiales de referencia mutagenizados in silico para el desarrollo y la validación de ensayos NGS.
• Proporcionar orientaciones para la generación de materiales de referencia in silico.

Principales métodos:

• Listas de variantes clínicamente relevantes examinadas por expertos para genes ampliamente probados.
• Se evaluó la disponibilidad de materiales de referencia físicos accesibles al público.
• Generado en materiales de referencia de silicio utilizando 49 variantes seleccionadas.
• Se llevó a cabo un estudio de prueba de concepto a ciegas con tres experimentados laboratorios de NGS.

Principales resultados:

• Sólo se identificaron materiales de referencia disponibles para el 29,4% de las variantes examinadas.
• En silico se utilizaron con éxito materiales de referencia en un estudio a ciegas, y los laboratorios detectaron casi todas las variantes añadidas.
• Se han identificado escenarios comunes que conducen a resultados falsos negativos debido a la imposibilidad de probar variantes patógenas comunes.

Conclusiones:

• Hay una escasez significativa de materiales de referencia físicos para la validación de los ensayos NGS.
• En silico, los materiales de referencia son una herramienta valiosa para complementar las muestras físicas, especialmente cuando los materiales físicos son escasos.
• El establecimiento de bases de conocimiento centralizadas y el desarrollo de procesos estandarizados de generación de recursos in silico son cruciales para mejorar el control de calidad de los ensayos NGS.