Amplificación universal y secuenciación de genomas completos del virus de la fiebre aftosa mediante tecnología de...

Área de la Ciencia:

• Virología
• La genómica
• La bioinformática

Sus antecedentes:

• El virus de la fiebre aftosa (FMDV) causa brotes significativos en los animales con dos patas.
• La caracterización genómica es vital para rastrear los orígenes y la propagación de la FMDV.
• Los métodos de secuenciación existentes a menudo se dirigen a linajes específicos de FMDV o solo a fragmentos.

Objetivo del estudio:

• Desarrollar un protocolo universal de secuenciación del virus de la fiebre aftosa (FMDV).
• Crear una tubería de bioinformática para el ensamblaje de cualquier genoma de FMDV.
• Para permitir la secuenciación del genoma de FMDV independiente del linaje.

Principales métodos:

• Las RT-PCRs multiplex universales amplificaron todo el genoma de FMDV en fragmentos superpuestos.
• La secuenciación de nanoporos se realizó utilizando el dispositivo MinION.
• Se empleó una tubería de bioinformática que utilizaba blastn y un ensamblaje de referencia.

Principales resultados:

• Se desarrollaron dos esquemas de primeras (esquema S y esquema L), ambos capaces de generar genomas de FMDV.
• El esquema L demostró ser más simple, más confiable y rentable para la generación de genomas completos.
• El protocolo fue validado en 30 aislamientos de FMDV y probado en Uganda.

Conclusiones:

• La estrategia desarrollada genera con éxito genomas completos de FMDV de una manera agnóstica del linaje.
• Este enfoque utiliza dos reacciones de PCR múltiples para una amplia aplicabilidad.
• Los conjuntos y métodos de iniciación mejoran la capacidad del laboratorio para la caracterización genómica de la FMDV.