Los genomas T2T revelan la arquitectura centromérica y la divergencia adaptativa en el gran croaker amarillo...

Área de la Ciencia:

• La genómica
• Biología evolutiva
• La acuicultura

Sus antecedentes:

• El gran croaker amarillo (Larimichthys crocea) es vital para la acuicultura, pero los genomas incompletos limitan los estudios evolutivos y adaptativos.
• Las regiones centroméricas y la evolución adaptativa en esta especie siguen siendo poco conocidas debido a las brechas genómicas.

Objetivo del estudio:

• Para generar ensamblajes de genoma sin brechas de alta calidad, telómero a telómero (T2T), para dos poblaciones distintas de Larimichthys crocea (Min-Yuedong y Daiqu).
• Caracterizar las estructuras centroméricas, identificar nuevos genes y analizar las variaciones adaptativas específicas de la población.
• Proporcionar recursos genómicos completos para comprender la evolución, la conservación y la cría de L. crocea.

Principales métodos:

• Secuenciación y ensamblaje telómero a telómero (T2T) para crear genomas sin brechas.
• Análisis bioinformático para caracterizar las estructuras de repetición centromérica (Cen-42, elementos ERV1-LTR) y los grupos de genes de ARN ribosomal 5S.
• Genómica comparativa para identificar la divergencia del número de genes / composición, las variaciones estructurales y los rasgos adaptativos específicos de la población.

Principales resultados:

• Se ensamblaron con éxito dos genomas T2T sin brecha (T2T-MYD y T2T-DQ) para poblaciones divergentes de L. crocea.
• Los centrómeros presentan una repetición en tándem de 42 bp (Cen-42) y elementos LTR del retrovirus endógeno 1 (ERV1), con transcripción activa.
• Se observó una divergencia significativa en el contenido y el número de genes, junto con variaciones estructurales específicas de la población y diferencias adaptativas en el metabolismo, la quimiosensibilidad y el ritmo circadiano.

Conclusiones:

• Los genomas T2T resuelven regiones previamente no ensambladas, identificando cientos de nuevos genes y proporcionando detalles sin precedentes sobre la organización centromérica.
• El análisis comparativo revela trayectorias evolutivas y estrategias adaptativas distintas entre las dos poblaciones de L. crocea.
• Estos recursos genómicos son fundamentales para futuras investigaciones sobre la evolución de L. crocea, los esfuerzos de conservación y los programas de cría selectiva.