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Updated: Sep 10, 2025
Author Spotlight: Enhancing Nuclei Isolation for Multiome Sequencing in Challenging Tumor Microenvironments
Published on: October 13, 2023
Un enfoque simple de aislamiento de núcleos para la secuenciación multiómico de un solo núcleo
Yin Wang1, Di Ren2, Randy Kang3
1Department of Diabetes and Cancer Metabolism, Beckman Research Institute, City of Hope National Medical Center, Duarte, CA 91010, USA; Division of Cardiology, Department of Medicine, Beckman Research Institute, City of Hope National Medical Center, Duarte, CA 91010, USA.
Desarrollamos un método rápido y barato de aislamiento de núcleos llamado DFGC para tejidos congelados. Esta técnica mejora la calidad de los datos de secuenciación multioma de un solo núcleo (snMultiome-seq), especialmente para muestras difíciles como el tejido cardíaco.
Área de la Ciencia:
- Biología molecular
- La genómica
- Biotecnología
Sus antecedentes:
- La secuenciación multioma de núcleo único (snMultiome-seq) es crucial para comprender los procesos biológicos.
- Los métodos existentes tienen dificultades para aislar núcleos de alta calidad de tejidos fibrosos criopreservados, lo que afecta la calidad de los datos.
- El tejido cardíaco presenta desafíos particulares para el aislamiento de los núcleos debido a su naturaleza fibrosa.
Objetivo del estudio:
- Desarrollar un protocolo simple, barato y eficiente para aislar núcleos de alta calidad de tejidos congelados.
- Evaluar la eficacia del nuevo protocolo en comparación con los métodos existentes.
- Mejorar la aplicabilidad de snMultiome-seq para tipos de muestras difíciles.
Principales métodos:
- Desarrolló el protocolo de filtro de gradiente de centrifugado (DFGC) para el aislamiento de núcleos.
- El protocolo incluye trituración, despiece, filtración y centrifugación por gradiente de densidad.
- Se comparó el DFGC con los métodos de clasificación de células activadas por fluorescencia (FACS).
Principales resultados:
- El protocolo de DFGC es rápido y toma aproximadamente 1,5 horas.
- DFGC produce una calidad superior de núcleos para aplicaciones de snMultiome-seq posteriores.
- DFGC demostró un rendimiento preferido tanto para la expresión génica como para la generación de datos de accesibilidad a la cromatina.
Conclusiones:
- El método DFGC ofrece una mejora significativa para el aislamiento de núcleos de tejidos fibrosos congelados.
- Se espera que este protocolo se convierta en un enfoque estándar para el snMultiome-seq de alta calidad.
- DFGC mejora la utilidad de snMultiome-seq para el estudio de tejidos complejos como el corazón.
