Capturar el panorama del número de copias de los cánceres de mama en la patología de rutina: aprovechar la...

Área de la Ciencia:

• La genómica
• En el campo de la oncología
• Diagnóstico molecular

Sus antecedentes:

• El cáncer de mama (BC) es molecularmente diverso, lo que requiere un perfil genético completo para un diagnóstico y tratamiento óptimos.
• Los desafíos en la secuenciación de todo el genoma de muestras de BC con parafina fijada en formalina (FFPE) dificultan el análisis genético de alta resolución de rutina.
• La exploración de una estrategia de prueba de baja resolución en todo el genoma para evaluar las alteraciones del número de copias (CN) en el ADN derivado del FFPE es crucial.

Objetivo del estudio:

• Evaluar un enfoque de prueba de baja resolución para todo el genoma para capturar el paisaje CN en el ADN del cáncer de mama derivado del FFPE.
• Evaluar la viabilidad y el rendimiento de este enfoque en la identificación de alteraciones genéticas procesables, incluida la deficiencia de recombinación homóloga (HRD).

Principales métodos:

• Una evaluación en dos fases: i) exploración utilizando datos de secuenciación de alta resolución de una cohorte de BC triple negativa (n=237) para comparar las firmas de CN relacionadas con el desarrollo humano.
• ii) Evaluación prospectiva de la viabilidad de la estrategia de ensayo de baja resolución en una cohorte clínica de BC (n=147).
• Incorporación de enfoques multimodales, incluidas las pruebas genéticas y funcionales de los DDH, para un análisis exhaustivo.

Principales resultados:

• El enfoque de baja resolución logró una sensibilidad del 100% para la detección de BC con variantes patógenas BRCA1/BRCA2/PALB2 en la cohorte prospectiva.
• Se observaron altas tasas de éxito para las pruebas de baja resolución, independientemente del material de entrada.
• Se identificaron alteraciones adicionales en el número de copias en el BC con conocimientos de HR, lo que sugiere posibles objetivos procesables más allá de HRD.

Conclusiones:

• La secuenciación de todo el genoma de baja resolución demuestra un potencial significativo para caracterizar el panorama de la CN en el cáncer de mama.
• Este enfoque captura efectivamente las características asociadas con el DHA e identifica otras alteraciones de la NC que se pueden aplicar.
• La estrategia de pruebas de preselección es prometedora para el avance de la medicina personalizada y el asesoramiento genético en el cuidado del cáncer de mama.