El perfilado espacial huésped-microbioma demuestra alteraciones de transcripción del huésped asociadas con bacterias...

Área de la Ciencia:

• Microbiología
• Inmunología
• Gastroenterología

Sus antecedentes:

• La enfermedad de Crohn (EC) implica interacciones inmunes complejas entre el microbioma intestinal y el huésped.
• Las relaciones espaciales entre las bacterias y las células huésped en la CD no se comprenden bien.
• Se desarrolló un nuevo enfoque de perfilado espacial del microbioma del huésped para los tejidos ileales pediátricos de CD.

Objetivo del estudio:

• Detectar simultáneamente la transcriptómica del huésped y las especies bacterianas con alta resolución taxonómica en tejidos ileales pediátricos de CD.
• Para analizar las interacciones huésped-microbioma a nivel celular.
• Identificar las especies bacterianas y las alteraciones de la expresión génica del huésped en la EC.

Principales métodos:

• Estudio prospectivo de casos y controles de 14 muestras de tejido ileal terminal de pacientes pediátricos con CD y controles.
• Secuenciación espacial huésped-microbioma, transcriptómica espacial, poliadenilación in situ y secuenciación masiva del metagenoma de la escopeta.
• Proyecto integral de bioinformática para la identificación bacteriana y el análisis de la interacción entre el huésped y el microbioma.

Principales resultados:

• Aumento de la abundancia bacteriana en los tejidos de CD en comparación con los controles.
• La infiltración bacteriana se correlacionó con el pronóstico de la enfermedad y la gravedad endoscópica.
• Se identificaron 16 miembros beneficiosos y 9 patógenos del microbioma, incluidas nuevas especies que modulan el riesgo.
• Se han revelado alteraciones de la expresión génica del huésped específicas del tipo de célula relacionadas con los mecanismos de defensa bacteriana.

Conclusiones:

• El enfoque de perfilado espacial huésped-microbioma permite la identificación bacteriana a nivel de especie y la transcriptómica del huésped simultáneamente.
• Proporciona información a nivel celular sobre las intrincadas interacciones huésped-célula-bacterias en la patogénesis de la CD.
• Ofrece una herramienta poderosa para estudiar las interacciones entre el microbioma del huésped en enfermedades asociadas con el microbioma para la terapia y los marcadores de pronóstico.