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Updated: Sep 10, 2025

Performing Data Mining And Integrative Analysis Of Biomarker in Breast Cancer Using Multiple Publicly Accessible Databases

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Published on: May 17, 2019

Exploración de bloques de construcción vulnerables en las redes de interacción proteína-proteína del tumor mamario y

Swapnil Kumar¹, Avantika Agrawal¹, Vaibhav Vindal¹

¹Department of Biotechnology & Bioinformatics, School of Life Sciences, University of Hyderabad, Hyderabad 500046, India.

Computational biology and chemistry

|August 24, 2025

Resumen

Este estudio revela las interacciones de proteínas clave en los tejidos normales adyacentes al tumor (TANT) y los subtipos de cáncer de mama. Identifica proteínas vulnerables e influyentes que podrían ser objetivos para la terapia del cáncer.

Área de la Ciencia:

En el campo de la oncología
Biología de sistemas
La bioinformática

Sus antecedentes:

Los tejidos normales adyacentes al tumor (TANT) son morfológicamente normales, pero representan un estado de transición entre los tejidos sanos y cancerosos.
Las interacciones proteína-proteína (IPP) en TANT y sus diferencias con los tejidos tumorales son en gran medida desconocidas.
Comprender estas interacciones es crucial para comprender el desarrollo del cáncer e identificar objetivos terapéuticos.

Objetivo del estudio:

Investigar el panorama de la interacción proteína-proteína (IPP) en las TANT y varios subtipos de cáncer de mama.
Identificar las proteínas vulnerables e influyentes dentro de estos tejidos mediante el análisis de redes.
Explorar la asociación de estas proteínas identificadas con el desarrollo del cáncer.

Principales métodos:

Datos integrados de IPP con genes expresados diferencialmente en TANT y tejidos tumorales de mama.
Se han reconstruido seis redes de PPI específicas del tejido.
Análisis aplicados de la influencia y la vulnerabilidad de la red utilizando el paquete NetVA R.
Investigación de las asociaciones entre genes y enfermedades para las proteínas identificadas.

Principales resultados:

Se identificaron 134 proteínas vulnerables (VP), 21 pares de proteínas vulnerables (VPP) y 94 proteínas influyentes (IP) comunes en las seis redes de tejidos.
Descubrió 34 proteínas centrales comunes y siete proteínas de cuello de botella comunes.
Se encontró una superposición significativa entre las proteínas identificadas y las proteínas conocidas asociadas al cáncer (por ejemplo, AR, BRCA1, ERBB2).

Conclusiones:

Los análisis de la vulnerabilidad y la influencia de la red revelan proteínas críticas y complejos de proteínas involucrados en la tumorigénesis del cáncer de mama.
Las proteínas identificadas, incluidos los factores cancerígenos conocidos y los nuevos candidatos potenciales, están presentes tanto en los TANT como en diversos subtipos de cáncer de mama.
Este estudio proporciona una base para comprender el papel de los TANT en el cáncer y para desarrollar terapias dirigidas.

Palabras clave:

Subtipos de cáncer de mama Centralidad de la velocidad de escape Análisis de la influencia Análisis de la vulnerabilidad de la red Complejo de proteínas Tejidos normales adyacentes al tumor Proteínas vulnerables

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