El CUT&Tag optimizado permite un perfil epigenético robusto en Schizosaccharomyces pombe

Área de la Ciencia:

• La epigenética
• Biología molecular
• Microbiología

Sus antecedentes:

• La secuenciación de inmunoprecipitación de cromatina (ChIP-seq) está limitada por los artefactos de enlace cruzado y los altos requisitos de entrada de células.
• El perfil del epigenoma de Schizosaccharomyces pombe (S. pombe) requiere metodologías optimizadas para el análisis de alta resolución.

Objetivo del estudio:

• Para optimizar la permeabilización para CUT&Tag en S. pombe para un perfil robusto de H3K9me3.
• Establecer un protocolo de perfil epigenético de alta resolución con una entrada de células reducida.

Principales métodos:

• Permeabilización optimizada utilizando Lywallzyme para la generación de esferoplastos de S. pombe (> 95% de eficiencia).
• Optimización sistemática de los parámetros de CUT&Tag, incluida la concentración de enzimas y la carga celular.
• Mapeo de H3K9me3 en cepas de tipo salvaje y clr4Δ utilizando el protocolo optimizado.

Principales resultados:

• Lywallzyme superó a otras enzimas para la generación de esferoplastos.
• Se ha identificado una cinética de digestión óptima y una relación inversa entre la carga y la eficiencia de la célula.
• Enriquecimiento heterocromático específico capturado en los centrómeros/telómeros con una alta relación señal/ruido.

Conclusiones:

• El protocolo CUT&Tag optimizado permite un análisis epigenómico robusto en S. pombe con una entrada celular mínima.
• Este método supera las limitaciones de ChIP-seq, ofreciendo una mayor resolución para los estudios epigenómicos.