SCanED: una macro de segmentación cutánea de código abierto para la detección semiautomática de células y núcleos en...

Área de la Ciencia:

• Dermatología
• Biología celular
• La bioinformática

Sus antecedentes:

• La piel humana comprende compartimentos complejos con diversas poblaciones de células.
• Comprender la función celular in situ requiere analizar la distribución espacial y la expresión del marcador.
• Existen herramientas no comerciales limitadas para la segmentación de una sola célula en compartimentos de la piel.

Objetivo del estudio:

• Proporcionar un protocolo para la tinción por inmunofluorescencia, la microscopía confocal y el análisis de imágenes de secciones de piel humana.
• Introducir SCAnED (Análisis de Compartimientos de la Piel de la Epidermis y la Dermis), una herramienta gratuita para la segmentación celular in silico.
• Para permitir la cuantificación de la expresión de marcadores específicos de la célula dentro de los compartimentos epidérmicos y dérmicos.

Principales métodos:

• Etiquetado multifluorescente y microscopía confocal de secciones de piel humana.
• Aplicación de la macro SCAnED para la identificación precisa de células y núcleos en la epidermis y la dermis.
• Utilizando una tubería de Python en un cuaderno Jupyter para cuantificar los niveles de expresión de marcadores y las poblaciones de células.

Principales resultados:

• SCanED permite una segmentación y clasificación precisas de las células dentro de los compartimentos epidérmicos y dérmicos.
• El protocolo facilita la determinación de la intensidad media del marcador en los compartimentos celulares (citoplasma, núcleo).
• La cuantificación de las células que expresan niveles de marcadores variables es posible con la tubería proporcionada.

Conclusiones:

• El protocolo desarrollado y la herramienta SCanED permiten a los usuarios analizar los perfiles de expresión específicos de las células en el tejido cutáneo.
• Esto facilita la comprensión de la distribución espacial de las células dentro de los compartimentos de la piel.
• El estudio mejora la comprensión de la intrincada estructura del tejido y la composición celular de la piel humana.