La flexibilidad del ADN regula la unión del factor de transcripción a los nucleosomas

Área de la Ciencia:

• Biología molecular
• La genética
• La epigenética

Sus antecedentes:

• La determinación del destino celular se basa en los factores de transcripción pioneros (TF).
• Los TF pioneros se unen a secuencias específicas de ADN dentro de los nucleosomas.
• La ocupación limitada de los sitios de reconocimiento sugiere que el contexto de la secuencia influye en la vinculación de los pioneros.

Objetivo del estudio:

• Desarrollar un ensayo de alto rendimiento para caracterizar el factor de transcripción pionero que se une a los nucleosomas.
• Investigar el papel del contexto de la secuencia del nucleosoma en la regulación de la unión pionera.
• Proponer un modelo de cómo la flexibilidad de la secuencia de ADN dentro de los nucleosomas posiciona la unión pionera.

Principales métodos:

• Desarrollo de PIONEAR-seq, un ensayo bioquímico de alto rendimiento.
• Análisis de 11 TF humanos que se unen a los nucleosomas utilizando Widom 601 y secuencias genómicas de ADN.
• Análisis de los patrones de unión de TF en relación con la estructura del nucleosoma y el contexto de la secuencia de ADN.

Principales resultados:

• La unión pionera está mediada principalmente por motivos de reconocimiento de TF, pero regulada significativamente por el contexto más amplio de la secuencia nucleosómica.
• Las secuencias genómicas revelaron patrones de unión diferentes (conexión final) en comparación con las secuencias sintéticas (conexión de diada o periódica) para ciertos TF.
• La evidencia sugiere que la flexibilidad local del ADN dentro de los nucleosomas influye en el posicionamiento de TF pionero.

Conclusiones:

• El contexto de la secuencia del nucleosoma es una capa reguladora crítica para la unión del factor de transcripción pionero.
• La flexibilidad de la secuencia de ADN dentro de los nucleosomas juega un papel en el posicionamiento de los TF pioneros.
• Este hallazgo agrega un nuevo mecanismo de regulación cis a nuestra comprensión de la regulación del genoma eucariota y el control del destino celular.