Evaluación de los métodos de conservación y extracción sobre el rendimiento del ADN electrónico y la probabilidad de...

Área de la Ciencia:

• Ecología
• Biología molecular
• Ciencias de la conservación

Sus antecedentes:

• La estandarización de los flujos de trabajo de muestreo de ADN ambiental (eDNA) es crucial para las estimaciones de la biodiversidad reproducible.
• La investigación limitada compara las estrategias de preservación de muestras de ADN electrónico para el almacenamiento a largo plazo, centrándose en el rendimiento del ADN sobre el éxito de la detección.
• La detección de especies raras depende en gran medida de la preservación y la extracción eficaces del ADN electrónico.

Objetivo del estudio:

• Evaluar los medios de conservación comunes, las temperaturas de almacenamiento y los métodos de extracción de ADN para el ADN electrónico.
• Evaluar su impacto en el rendimiento del ADN electrónico y la probabilidad de detección después de un año y cuatro años de almacenamiento.
• Informar sobre la optimización y estandarización de los protocolos de almacenamiento de muestras de ADN electrónico a largo plazo.

Principales métodos:

• Comparación de medios de conservación: congelado, etanol y amortiguador de lisis de Longmire.
• Evaluación de las temperaturas de almacenamiento, incluida la temperatura ambiente y la congelación.
• Evaluación de los métodos de extracción de ADN: álcool fenol-cloroformo-isoamil (PCI) y el kit de sangre y tejidos Qiagen DNeasy.
• Medición del rendimiento de ADN electrónico (concentración de ADN) y probabilidad de detección durante un año y cuatro años.

Principales resultados:

• Las muestras congeladas y conservadas en etanol mostraron concentraciones de ADN y tasas de detección significativamente más altas que las muestras de Longmire cuando los métodos de extracción variaron.
• La extracción de fenol-cloroformo-alcohol isoamílico (PCI) condujo a la inhibición en las muestras de Longmire y redujo el rendimiento/detección en las muestras de etanol.
• El rendimiento y la detección de ADN electrónico se mantuvieron estables durante cuatro años, excepto en las muestras de etanol a temperatura ambiente, donde las concentraciones disminuyeron.
• Las muestras conservadas de Frozen y Longmire generalmente arrojaron más ADN que las muestras conservadas con etanol, aunque las tasas de detección fueron altas en todos los medios.

Conclusiones:

• El congelado y el etanol son medios de conservación efectivos para el almacenamiento de ADN electrónico a largo plazo, y el congelado a menudo muestra un mayor rendimiento.
• La elección del método de extracción es crítica; Qiagen DNeasy es más eficaz que PCI para las muestras de Longmire y etanol.
• El almacenamiento a temperatura ambiente tiene un impacto negativo en las concentraciones de ADN electrónico conservado en etanol durante cuatro años.
• Los protocolos estandarizados que utilizan métodos óptimos de conservación y extracción son esenciales para evaluaciones fiables de la biodiversidad basadas en el ADN electrónico.