LiProS: flujo de trabajo de simulación de datos localizable, accesible, interoperable y reutilizable para predecir...

Área de la Ciencia:

• Química computacional
• Informática química y sus aplicaciones
• Descubrimiento de drogas

Sus antecedentes:

• La lipofilicidad es una propiedad fisicoquímica clave que influye en la absorción, distribución e interacciones biomoleculares de los fármacos.
• La predicción precisa de la lipofilicidad dependiente del pH (log D) es crucial para el diseño de fármacos y la ciencia de los materiales.
• Los métodos existentes pueden no capturar adecuadamente los matices de los compuestos ionizables.

Objetivo del estudio:

• Introducir LiProS, un flujo de trabajo FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable) para la determinación de perfiles de lipofilidad dependientes del pH.
• Proporcionar a los investigadores una herramienta accesible para predecir la lipofilia basada en los códigos SMILES.
• Permitir la selección de los formalismos de lipofilia adecuados para diversos compuestos químicos.

Principales métodos:

• Desarrollo del flujo de trabajo LiProS, accesible a través de Google Colab.
• Utilizando los códigos SMILES como entrada para la representación molecular.
• Incorporación del coeficiente de partición aparente de iones (P_I^app) para una mayor precisión en las predicciones dependientes del pH.
• Aplicación a la base de datos de productos naturales NAPRORE-CR para el análisis de compuestos ionizables.

Principales resultados:

• LiProS determina eficientemente los perfiles de lipofilidad dependientes del pH a partir de los códigos SMILES.
• El flujo de trabajo demostró su utilidad en el análisis de compuestos ionizables.
• LiProS facilitó la identificación de los formalismos de lipofilia adecuados para conjuntos específicos de compuestos.

Conclusiones:

• LiProS ofrece una solución fácil de usar y compatible con FAIR para la predicción de la lipofilia.
• La herramienta mejora la precisión del modelado de la lipofilia dependiente del pH, particularmente para los compuestos ionizables.
• LiProS apoya los principios de gestión y intercambio de datos en la investigación científica.