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Updated: Sep 10, 2025
Preparation of Pseudo-Typed H5 Avian Influenza Viruses with Calcium Phosphate Transfection Method and Measurement of Antibody Neutralizing Activity
Published on: November 22, 2021
El desarrollo de conjuntos de datos de virus de la gripe aviar A ((H5) para Nextclade permite una asignación rápida y
Jordan T Ort1, Samuel S Shepard2, Sonja A Zolnoski1
1Department of Microbiology, Perelman School of Medicine, University of Pennsylvania, 3610 Hamilton Walk, Philadelphia, PA 19104, United States.
Una nueva herramienta Nextclade simplifica la asignación de clado de la gripe aviar A ((H5), lo que ayuda a la vigilancia. Esta interfaz fácil de usar, de arrastrar y soltar, distingue con precisión la gripe aviar de alta patogenicidad de las cepas de baja patogenicidad.
Área de la Ciencia:
- Virología
- La genómica
- Salud pública
Sus antecedentes:
- La pandemia de influenza aviar altamente patógena (HPAI) A ((H5) de 2022 ha causado una transmisión generalizada a los mamíferos.
- La asignación precisa y rápida de clado de los virus A ((H5) es crucial para la vigilancia y la respuesta al brote, especialmente con las cepas de influenza aviar de baja patogenicidad (LPAI) en cocirculación.
- Las herramientas de asignación de clado existentes a menudo requieren experiencia especializada, lo que limita su uso en laboratorios de salud pública.
Objetivo del estudio:
- Desarrollar conjuntos de datos fáciles de usar para Nextclade, que permitan una asignación rápida y precisa de los virus de la gripe aviar A ((H5).
- Proporcionar una herramienta que permita distinguir entre las cepas HPAI y LPAI A(H5) e identificar los marcadores genéticos clave.
Principales métodos:
- Los conjuntos de datos Nextclade creados utilizando secuencias de referencia anotadas para los clados históricos A ((H5), incluidos los descendientes de los clados 2.3.2.1 y 2.3.4.4.
- Identificación de mutaciones que definen el clado para la asignación de clado basado en árboles.
- Las asignaciones de Nextclade comparadas con el software de línea de comandos LABEL utilizan más de 19,000 secuencias únicas.
Principales resultados:
- Los conjuntos de datos de Nextclade lograron altas tasas de coincidencia (97,8%99,1%) en comparación con LABEL para conjuntos de datos de clade específicos (2.3.2.1 y 2.3.4.4).
- El conjunto de datos de todos los clades demostró una tasa de coincidencia del 94,8% y diferenció con precisión las cepas HPAI de LPAI.
- La herramienta identificó con éxito las secuencias del sitio de escisión polibásico y los posibles sitios de glucosilación ligados al N.
Conclusiones:
- Los conjuntos de datos Nextclade desarrollados ofrecen una alternativa rápida, precisa y accesible para la asignación de clado A ((H5).
- La interfaz de arrastrar y soltar mejora la usabilidad de los laboratorios de vigilancia de salud pública.
- Esta herramienta ayuda a mejorar el seguimiento y la respuesta a los brotes de gripe aviar.
