CleanBar: una herramienta de desmultiplejación versátil para el código de barras de división y agrupación en ómicos...

Área de la Ciencia:

• Ecología microbiana
• La genómica
• La bioinformática

Sus antecedentes:

• El código de barras de división y agrupación es crucial para los ómicos de una sola célula, pero carece de una herramienta bioinformática universal para la desmultiplexación.
• Los métodos existentes luchan con variaciones en la posición del código de barras, la longitud del enlace y los errores de ligadura.

Objetivo del estudio:

• Desarrollar una herramienta bioinformática flexible y precisa para la desmultiplexación de células individuales codificadas con ligaduras secuenciales.
• Abordar las limitaciones de las herramientas actuales para analizar los datos genómicos microbianos unicelulares.

Principales métodos:

• Desarrollo de CleanBar, una nueva herramienta bioinformática para la desmultiplejación de códigos de barras ligados secuencialmente.
• Aplicación de CleanBar con la plataforma Atrandi y la secuenciación PacBio para la genómica microbiana de una sola célula.
• Prueba de la capacidad de CleanBar para manejar variaciones de códigos de barras y errores de ligado.

Principales resultados:

• CleanBar desmultiplica con precisión las lecturas, acomodando variaciones en las posiciones de los códigos de barras y las longitudes de los enlaces.
• La herramienta evita con éxito la clasificación errónea de secuencias naturales similares a códigos de barras y maneja errores de ligadura.
• La genómica de una sola célula de cepas de Klebsiella infectadas con fagos reveló la heterogeneidad de la infección y permitió la estimación del número de copias de fagos.

Conclusiones:

• CleanBar es una herramienta eficiente, adaptable y precisa para la genómica microbiana de una sola célula.
• Combinado con la plataforma Atrandi y la secuenciación PacBio, CleanBar mejora el análisis de alto rendimiento de la ecología y la evolución microbiana.
• La herramienta facilita una comprensión más profunda de las interacciones entre fagos y bacterias a nivel de una sola célula.