Comparación de líneas de clasificación de secuenciación multilocal del genoma central para la detección de brotes...

Área de la Ciencia:

• Microbiología
• La genómica
• Epidemiología de las enfermedades infecciosas

Sus antecedentes:

• La secuenciación del genoma completo (WGS) es crucial para la investigación y la vigilancia de brotes infecciosos.
• La tipificación de secuencias multilocal del genoma central (cgMLST) ofrece una comparación de cepas de alta resolución y capacidades de vigilancia longitudinal.
• Las tuberías comerciales de cgMLST tienen como objetivo estandarizar el análisis de parentesco microbiano para los laboratorios clínicos.

Objetivo del estudio:

• Para comparar el rendimiento de tres líneas de software cgMLST comerciales: Ridom SeqSphere +, 1928 Diagnostics y Ares Genetics ARESdb.
• Evaluar la concordancia de estas líneas en la identificación de cepas bacterianas relacionadas entre patógenos comunes.
• Evaluar la utilidad de estas herramientas para el control rutinario de infecciones y la vigilancia de brotes.

Principales métodos:

• Análisis comparativo de 255 aislamientos bacterianos de ocho patógenos comunes.
• Utilizado tres canales de software cgMLST comerciales para el análisis de la relación genómica.
• Se evaluó la concordancia en la diferenciación de los pares de aislados agrupados (relacionados) de los no agrupados (no relacionados) sobre la base de umbrales establecidos.

Principales resultados:

• Se observó una alta concordancia general entre las tuberías (100% para 1928, 99.5% para ARESdb frente a SeqSphere +).
• ARESdb mostró distancias alélicas significativamente mayores para pares de aislados agrupados en comparación con SeqSphere + y 1928.
• A pesar de las diferencias en las distancias alélicas, todas las tuberías demostraron concordancia utilizando los umbrales de agrupación sugeridos para la relación de cepas.

Conclusiones:

• Las tuberías comerciales de cgMLST proporcionan resultados comparables para el análisis de la relación de cepas bacterianas, lo que ayuda a la vigilancia de brotes.
• Estas herramientas facilitan el análisis genómico rápido y rutinario para el control de infecciones sin requerir una amplia experiencia en bioinformática.
• El estudio proporciona un modelo para evaluar y comparar diferentes canalizaciones analíticas de cgMLST.