Repensar la filogenómica a gran escala con EukPhylo v.1.0, un conjunto de herramientas flexible para permitir la...

Área de la Ciencia:

• Biología evolutiva
• La genómica
• Ecología microbiana

Sus antecedentes:

• La diversidad eucariota es vasta y predominantemente microbiana, lo que plantea desafíos para los estudios evolutivos.
• Los análisis filogenómicos se ven obstaculizados por la contaminación en la secuenciación de una sola célula y la complejidad de los genomas microeucarióticos.
• Los métodos existentes para analizar las familias de genes eucariotas a menudo son difíciles de replicar.

Objetivo del estudio:

• Desarrollar una línea de trabajo fácil de usar, EukPhylo v.1.0, para análisis filogenómicos robustos de eucariotas.
• Permitir una curación eficaz de los datos, incluida la eliminación de la contaminación y la identificación de la familia de genes homólogos.
• Mejorar la precisión y la replicabilidad de las estimaciones de las relaciones evolutivas de los eucariotas.

Principales métodos:

• EukPhylo v.1.0 con eliminación de la contaminación basada en la filogenia.
• Estimación de las familias de genes homólogos utilizando la "base de datos de gancho" (~ 15.000 familias de genes).
• Generación de alineaciones de secuencias múltiples y árboles de genes de diversas especies eucariotas, bacterianas y arqueas.

Principales resultados:

• Demostró mejores estimaciones del árbol de la vida eucariota a través de la curación de datos sucesivos.
• Recuperó clados eucariotas bien establecidos y desafió las hipótesis existentes, proporcionando nuevos conocimientos.
• EukPhylo analizó con éxito 500 familias de genes conservados en 1.000 especies diversas.

Conclusiones:

• EukPhylo v.1.0 ofrece un enfoque flexible, transparente y replicable para la filogenómica eucariota.
• El proyecto aborda los desafíos en el análisis de la diversidad microeucariota y los conjuntos de datos contaminados.
• EukPhylo establece nuevos estándares para la curación de datos ómicos en estudios evolutivos de eucariotas.