La quimioproteómica impulsada por diaPASEF permite el perfilamiento profundo de la interacción del quinoma

Área de la Ciencia:

• Señalización celular y biología molecular
• Bioquímica y Proteómica
• Biología del cáncer y descubrimiento de medicamentos

Sus antecedentes:

• Las proteínas quinasas (quinoma) regulan las funciones celulares a través de la fosforilación y están implicadas en enfermedades humanas.
• La actividad de la quinasa y la señalización se rigen por redes dinámicas de interacción proteína-proteína (IPP).
• El mapeo de estas redes es crucial para comprender la activación de la quinasa y identificar objetivos farmacológicos.

Objetivo del estudio:

• Introducir y validar un análisis de competencia y correlación (kiCCA, por sus siglas en inglés) de segunda generación para el mapeo integral del IPP del quínomo.
• Aplicar el kiCCA de segunda generación a modelos de neuroblastoma para descubrir la señalización mediada por la quinasa en la transición noradrenérgica-mesenquimal (NMT).
• Demostrar la utilidad del kiCCA de segunda generación para priorizar las quinasas en el descubrimiento de fármacos.

Principales métodos:

• Se utilizó la purificación por afinidad del quínoma junto con la competencia soluble del inhibidor de la quinasa.
• Se utiliza la adquisición independiente de datos con fragmentación en serie de acumulación paralela (diaPASEF) mediante espectrometría de masas (MS).
• Desarrolló un algoritmo de análisis de coeficientes de correlación (ACC) rediseñado para una mejor predicción del IPP.

Principales resultados:

• El kiCCA de segunda generación identificó seis veces más IPP de quinasa en comparación con el método de primera generación en extractos de células nativas.
• El estudio aclaró las vías de señalización mediadas por la quinasa subyacentes al neuroblastoma NMT.
• Los objetivos farmacológicos para la modulación de los estados de NMT se predijeron con precisión utilizando el nuevo enfoque.

Conclusiones:

• El kiCCA de segunda generación es una herramienta poderosa y ampliamente aplicable para el mapeo del quinoma PPI.
• Este método avanza significativamente en la investigación de la señalización celular y el descubrimiento de fármacos dirigidos a la quinasa.
• Los hallazgos proporcionan información sobre la progresión del neuroblastoma y las posibles estrategias terapéuticas.