El microbioma cervicovaginal y el VPH: un enfoque estandarizado para el NGS 16S/ITS y el perfil de la comunidad...

Área de la Ciencia:

• Microbiología
• La genómica
• Oncología ginecológica

Sus antecedentes:

• La secuenciación de 16S rRNA de próxima generación (NGS) avanza en la investigación del microbioma cervicovaginal.
• Los sesgos metodológicos de regiones hipervariables limitadas de 16S pueden afectar a los resultados.
• Comprender estos sesgos es clave para la elaboración de perfiles precisos y los estudios de asociación de enfermedades.

Objetivo del estudio:

• Desarrollar flujos de trabajo estandarizados para 16S/ITS NGS.
• Identificar los sesgos metodológicos que afectan la abundancia microbiana y la especificidad taxonómica.
• Aclarar el impacto de la selección de regiones hipervariables en el análisis del microbioma cervicovaginal.

Principales métodos:

• Se utilizaron herramientas NGS comerciales y un panel de cribado 16S/ITS QIAseq V1-V9.
• Empleó el estándar microbiano vaginal ATCC y el banco de trabajo de genómica CLC con la base de datos VAGIBIOTA.
• Comunidades microbianas caracterizadas en 66 muestras de citología cervical.

Principales resultados:

• La región V3V4 mostró un sesgo cuantitativo mínimo; V1V2 ofreció la mayor especificidad.
• Perfiles microbianos y tipos de estado de la comunidad (CST) alineados con estudios previos.
• Los patógenos anaeróbicos en el CST IV-B disbiótico se enriquecieron en muestras positivas de HSIL y HPV-16.

Conclusiones:

• Existen diferencias claras en la identificación de especies en las regiones hipervariables del ARNr 16S.
• La selección de la región influye significativamente en el perfil microbiano en el entorno cervicovaginal.
• La selección precisa de la región es vital para comprender las funciones microbianas en la carcinogénesis asociada al VPH.