Evaluación de las mutaciones raras y la transmisión del SARS-CoV-2 en la ciudad de Nueva York por NGS

Área de la Ciencia:

• Virología
• La genómica
• Epidemiología

Sus antecedentes:

• El síndrome respiratorio agudo severo-coronavirus-2 (SARS-CoV-2) presenta mutaciones frecuentes, que afectan su transmisibilidad, la evasión inmune y la gravedad de la enfermedad.
• La diversidad genómica es un motor clave de la evolución viral, que requiere un monitoreo continuo de las variantes emergentes.

Objetivo del estudio:

• Para identificar y caracterizar mutaciones globalmente raras en aislamientos de SARS-CoV-2 de la ciudad de Nueva York.
• Evaluar el significado clínico y los patrones de transmisión de distintos linajes virales y sus mutaciones.

Principales métodos:

• Secuenciación del genoma completo de aislamientos de SARS-CoV-2 de pacientes en la ciudad de Nueva York.
• Análisis de mutaciones en diferentes linajes virales, incluidos B.1.1.7 (Alfa), B.1.526 (Iota) y B.1.623.
• Perfiles clínicos de pacientes infectados con virus aislados genéticamente distintos.

Principales resultados:

• Identificación de 16 mutaciones raras (incidencia global < 1000) en las proteínas no estructurales (nsp2, nsp3, nsp4, nsp6, nsp8, nsp13, nsp14, ORF7a, ORF8).
• Tres mutaciones en nsp2, nsp13 y ORF8, y dos mutaciones en proteínas estructurales M y N, se encontraron en menos de 100 casos a nivel mundial.
• Demostración de una cadena de transmisión local utilizando patrones de mutación únicos en un genoma Omicron.

Conclusiones:

• La secuenciación de todo el genoma es crucial para detectar mutaciones raras del SARS-CoV-2 y variantes emergentes.
• La vigilancia genómica ayuda a rastrear la propagación comunitaria y a comprender las implicaciones clínicas y de salud pública de la evolución viral.