Variabilidades en las concentraciones de genes N2 y E en un ensayo múltiple de aguas residuales de SARS-CoV-2

Área de la Ciencia:

• Microbiología ambiental
• Epidemiología molecular
• Vigilancia de la salud pública

Sus antecedentes:

• La vigilancia basada en aguas residuales (WBS) rastrea los patógenos y predice la prevalencia de la enfermedad.
• El SARS-CoV-2 WBS utiliza comúnmente objetivos genéticos de nucleocapside (N1, N2) y sobre (E).
• La variabilidad de los resultados basada en la elección del gen objetivo requiere investigación.

Objetivo del estudio:

• Para investigar las variaciones entre los objetivos de los genes N2 y E del SARS-CoV-2 en ensayos de RT-ddPCR múltiple.
• Comprender las razones de las diferencias observadas en el rendimiento del objetivo genético durante el monitoreo de aguas residuales COVID-19.

Principales métodos:

• Analizó más de 700 muestras de aguas residuales crudas desde diciembre de 2021 hasta junio de 2022.
• Utilizó un ensayo triplex RT-ddPCR con genes N2, E y el virus de la hepatitis murina (MHV) como control del proceso.
• Pruebas de calidad del agua realizadas (TSS, DCO, pH, turbidez, NH3-N) y análisis de regresión múltiple.

Principales resultados:

• La concentración del gen E excedió la concentración del gen N2 en más de un orden de magnitud en más del 10% de las muestras.
• Los niveles más altos de TSS y COD tuvieron un impacto negativo en la recuperación viral, lo que indica una posible inhibición de la PCR.
• No se identificó una relación clara entre las variables de calidad del agua o la recuperación de MHV y la variación de la concentración de genes.

Conclusiones:

• La selección del primer influye significativamente en la cuantificación del SARS-CoV-2 en las aguas residuales.
• La estandarización metodológica es crucial para una vigilancia fiable a gran escala basada en las aguas residuales.
• Se necesita más investigación para optimizar los objetivos genéticos para un WBS preciso.