Flujo de trabajo de nanoporos para la vigilancia de virus de la vid en Kazajstán: eludir el agotamiento del ARNr a través de primado no canónico
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Updated: Sep 9, 2025
Author Spotlight: A Cost-Effective Genomic Workflow for Advancing Rabies Control in Resource-Limited Settings
Published on: August 18, 2023
Karlygash P Aubakirova1, Zhibek N Bakytzhanova1, Akbota Rakhatkyzy1
1Laboratory of Biotechnology and Molecular Genetics, M. Aitkhozhin Institute of Molecular Biology and Biochemistry, Almaty 050012, Kazakhstan.
Un nuevo método de diagnóstico simplifica la secuenciación de alto rendimiento para la detección de viroides de la vid. Este enfoque mejora la vigilancia genómica para el viroide 1 de la mancha amarilla de la vid (GYSVd-1) y el viroide de la mancha de lúpulo (HSVd), que son cruciales para la viticultura de Kazajstán.
Área de la Ciencia:
- Patología vegetal
- Biotecnología agrícola
- Vigilancia genómica
Sus antecedentes:
- El cultivo de la vid (Vitis vinifera L.) se enfrenta a riesgos fitosanitarios derivados de patógenos viroides como el viroide de las manchas amarillas de la vid 1 (GYSVd-1) y el viroide de las manchas de lúpulo (HSVd).
- Las infecciones viroides latentes pueden causar una disminución progresiva de la vid, lo que afecta a la productividad agrícola.
- Los diagnósticos tradicionales son insuficientes para una vigilancia generalizada, mientras que los métodos modernos de secuenciación de alto rendimiento (HTS) son costosos y complejos, a menudo requieren el agotamiento del ARN ribosomal (ARNr).
Objetivo del estudio:
- Desarrollar un flujo de trabajo HTS simplificado y rentable para la detección de viroides no poliadenilados en la vid.
- Para eludir los pasos difíciles de preparación de muestras como el agotamiento del ARNr en el diagnóstico de HTS.
- Permitir una vigilancia genómica robusta de los viroides críticos de la vid en las regiones vitícolas en expansión.
Principales métodos:
- Utilizó la química de ADN c de Oxford Nanopore V14 con una estrategia de preparación dirigida de oligo-dT.
- Viroides no poliadenilados secuenciados directamente a partir de extractos de ARN total.
- Se eliminó la necesidad de agotamiento del ARNr y de primers de oligonucleótidos aleatorios para la síntesis de ADNc.
Principales resultados:
- Se detectó e identificó con éxito tanto GYSVd-1 como HSVd utilizando el flujo de trabajo simplificado de HTS.
- Demostró una reducción significativa en el tiempo, el costo y la complejidad en comparación con los métodos HTS convencionales.
- Valida la eficacia del flujo de trabajo para el diagnóstico de infecciones viroides latentes.
Conclusiones:
- El flujo de trabajo HTS desarrollado ofrece una herramienta potente y escalable para la detección de viroides de la vid.
- Este método es esencial para establecer programas eficaces de vigilancia genómica y certificación fitosanitaria.
- Apoya el crecimiento sostenible de la industria vitivinícola, especialmente en regiones como Kazajstán que enfrentan desafíos fitosanitarios.
