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Secuenciación específica del genoma completo del virus de la peste porcina africana y del virus de la peste porcina clásica en la plataforma de secuenciación portátil MinION

  • 0Department of Diagnostic Medicine/Pathobiology, College of Veterinary Medicine, Kansas State University, Manhattan, KS 66506, USA.
Pathogens (basel, Switzerland) +

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28 de agosto de 2025

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28 de agosto de 2025

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Resumen

Este resumen es generado por máquina.

Se desarrollaron protocolos de secuenciación de próxima generación (NGS) para el virus de la peste porcina africana (ASFV) y el virus de la peste porcina clásica (CSFV). Estos métodos permiten una caracterización genética rápida y completa de los virus porcinos durante los brotes, lo que ayuda a los esfuerzos de control.

Área De La Ciencia

  • Virología y Diagnóstico Molecular
  • Sanidad animal y control de enfermedades

Sus Antecedentes

  • El virus de la peste porcina africana (PPA) y el virus de la peste porcina clásica (PPC) son enfermedades transfronterizas de gran impacto que causan pérdidas económicas significativas en la industria porcina.
  • Los métodos de diagnóstico actuales ofrecen información genética limitada, lo que dificulta el rastreo efectivo de la cepa del virus y el desarrollo de vacunas durante los brotes.
  • La secuenciación de próxima generación (NGS) presenta una oportunidad para la caracterización genética rápida y completa de los patógenos virales.

Objetivo Del Estudio

  • Desarrollar y optimizar protocolos de amplificación y secuenciación de todo el genoma dirigidos a la ASFV y la CSFV utilizando NGS.
  • Permitir la identificación rápida y la caracterización genética completa de las cepas de ASFV y CSFV circulantes durante las investigaciones de enfermedades.
  • Proporcionar herramientas mejoradas para comprender la propagación viral, la evolución y las estrategias de control informativas.

Principales Métodos

  • Diseño y optimización de paneles de iniciación para la amplificación de todo el genoma del virus de la peste porcina africana (19 pares) y del virus de la peste porcina africana (CSFV) (2 pares).
  • Desarrollo de juegos de imprimación combinados y condiciones de termociclado optimizadas para un procesamiento de lotes eficiente.
  • Secuenciación de genomas virales amplificados utilizando la plataforma MinION de Oxford.

Principales Resultados

  • Se ha logrado una alta cobertura genómica (> 1,000X para el ASFV, 10,000X-20,000X para el CSFV) con una cobertura genómica >97% para ambos virus.
  • El protocolo optimizado del VPA es efectivo para las cepas del genotipo II que prevalecieron en los brotes globales recientes.
  • El protocolo optimizado de CSFV demuestra la aplicabilidad universal en todos los genotipos conocidos.

Conclusiones

  • Los protocolos NGS dirigidos desarrollados proporcionan herramientas complementarias esenciales para la detección temprana y la diferenciación de la ASFV y la CSFV.
  • Estos protocolos facilitan la caracterización genética crucial de los virus porcinos de alta consecuencia, vital para la vigilancia mundial y nacional de las enfermedades.
  • La información genética mejorada ayuda a comprender la dinámica viral y apoya el desarrollo de estrategias de manejo de enfermedades más efectivas.

Palabras clave: