Las múltiples interacciones de largo alcance generan dominios de cromatina viral dependientes del aislador CTCF en...

Área de la Ciencia:

• Virología
• La epigenética
• Biología molecular

Sus antecedentes:

• Los aislantes del factor de unión CCCTC (CTCF) son cruciales para la organización del genoma y la regulación génica en los sistemas celulares.
• El genoma latente del virus del herpes simple 1 (HSV-1) contiene aislantes CTCF que regulan la transcripción lítica.
• El papel de los aislantes CTCF del HSV-1 en la organización tridimensional (3D) del genoma y la formación del bucle de cromatina sigue siendo en gran medida inexplorado.

Objetivo del estudio:

• Para investigar la hipótesis de que los aislantes CTCF del HSV-1 nuclean bucles de cromatina, organizando el genoma viral en 3D.
• Determinar el impacto del aislante CTRL2 en la estructura de la cromatina viral y la expresión génica.
• Aclarar el papel de la organización del genoma 3D mediada por CTCF en la latencia y la reactivación del HSV-1.

Principales métodos:

• Utilizó 4C-seq para identificar las interacciones *cis* de largo alcance y los dominios de cromatina viral en los genomas del HSV-1.
• Se empleó UMI-4C-seq, un nuevo método que utiliza identificadores moleculares únicos, para cuantificar las interacciones de nucleación en bucle.
• Se analizaron los genomas virales con y sin el aislante CTRL2 para evaluar los cambios en la organización y accesibilidad de la cromatina.

Principales resultados:

• Se identificaron múltiples interacciones *cis* de largo alcance que forman dominios de cromatina viral, incluidos los nucleados por el aislador CTRL2.
• La eliminación de CTRL2 interrumpió los dominios de cromatina viral y condujo a un aumento de los picos de interacción *cis* con rangos de interacción más amplios.
• El análisis de bucle diferencial reveló un entorno de cromatina más transcripcionalmente permisivo en los genomas virales eliminados por CTRL2.

Conclusiones:

• El aislador CTRL2 es un regulador crítico de las interacciones de cromatina de largo alcance en el HSV-1.
• La eliminación de CTRL2 remodela el paisaje de la cromatina viral, aumentando la accesibilidad y el dinamismo.
• Estos hallazgos proporcionan información sobre la organización 3D del genoma HSV-1, que afecta a los programas de transcripción y la latencia, y sugieren posibles objetivos terapéuticos.