Caracterización genómica y distribución del serotipo del virus del dengue que circula en Pakistán durante 2024

Área de la Ciencia:

• Virología
• La genómica
• Salud pública

Sus antecedentes:

• El virus del dengue (DENV) representa una amenaza significativa para la salud pública en Pakistán, caracterizado por brotes recurrentes.
• La vigilancia genómica continua es crucial para comprender los serotipos circulantes y la diversidad viral durante estos brotes.

Objetivo del estudio:

• Investigar los serotipos y la diversidad genómica de DENV durante el brote de 2024 en Pakistán.
• Analizar las relaciones filogenéticas y la historia evolutiva de las cepas de DENV circulantes.
• Identificar las posibles adaptaciones genéticas y los vínculos de transmisión.

Principales métodos:

• Recopilación y procesamiento de 524 muestras de dengue confirmadas por el NS-1.
• Serotipo mediante PCR en tiempo real para identificar los serotipos DENV.
• Secuenciación metagenómica (Illumina MiSeq) para obtener genomas DENV.
• Análisis filogenéticos y a escala de tiempo para determinar las relaciones y los orígenes evolutivos.
• Análisis de mutaciones para identificar las variaciones genéticas.

Principales resultados:

• DENV-2 (93%) y DENV-1 (7%) fueron los serotipos predominantes identificados; no se detectaron co-infecciones.
• Se secuenciaron con éxito 33 genomas DENV, incluido el primero de Chilas y Kech.
• El análisis filogenético reveló una alta homología (~ 99%) entre las cepas 2024 y las cepas paquistaníes 2022-2023.
• La mayoría de las cepas DENV-2 compartían un antepasado común en 2018, con una cepa divergente que data de 2005.
• Las secuencias de DENV-1 indicaron una circulación sostenida con un antepasado común en 2016.
• Se identificó una mutación específica (NS4B: G240S) en DENV-1 de Chilas, lo que sugiere una adaptación localizada.

Conclusiones:

• El brote de dengue de 2024 en Pakistán fue impulsado principalmente por DENV-2 y DENV-1, estrechamente relacionados con cepas anteriores.
• Los datos genómicos revelan una circulación sostenida y una posible adaptación localizada de las cepas de DENV.
• La vigilancia genómica continua y las intervenciones de salud pública dirigidas son esenciales para controlar el dengue en Pakistán.