Ensamblaje del genoma a nivel cromosómico de Hippophae salicifolia

Área de la Ciencia:

• La genómica
• Ciencias de las plantas
• Biología de la conservación

Sus antecedentes:

• Hippophae salicifolia es un árbol endémico del Himalaya con un potencial ecológico e industrial significativo.
• Comprender su composición genética es crucial para su conservación y utilización.

Objetivo del estudio:

• Construir un genoma de referencia a nivel cromosómico de alta calidad para Hippophae salicifolia.
• Para sentar las bases para futuras investigaciones sobre su determinación sexual, evolución y diversidad.

Principales métodos:

• Utilizó PacBio HiFi de lectura larga, Illumina de lectura corta y tecnología Hi-C.
• Hemos ensamblado un genoma de 1.11 Gb anclado a 12 pseudo-cromosomas.
• Se predijeron 42.547 genes codificadores de proteínas con un 85% de anotación funcional.

Principales resultados:

• Se logró un andamio N50 de 95,29 Mb, con un anclaje de secuencia del 99,94%.
• Se identificaron elementos repetitivos, siendo las retrotransposones de repetición terminal larga (LTR) las más abundantes (32,54%).
• El análisis BUSCO confirmó una alta integridad tanto del ensamblaje del genoma como de la anotación.

Conclusiones:

• El genoma de alta calidad generado es un recurso valioso para Hippophae salicifolia.
• Facilita la investigación en la determinación del sexo, la evolución adaptativa y la diversidad genómica.
• Apoya los esfuerzos de mejora genética, conservación y utilización de recursos.