La metatranscriptómica de la piel revela un paisaje de variación en la actividad microbiana y la expresión génica en...

Área de la Ciencia:

• Microbiología
• La genómica
• La bioinformática

Sus antecedentes:

• La investigación del microbioma de la piel se ve desafiada por la baja biomasa microbiana, la contaminación de las células huésped y la inestabilidad del ARN.
• Los métodos metatranscriptómicos existentes requieren mejoras para la aplicabilidad clínica y el perfil preciso de la expresión génica microbiana.

Objetivo del estudio:

• Desarrollar un flujo de trabajo de metatranscripción cutánea robusto y clínicamente aplicable.
• Para comparar los perfiles transcriptómicos y genómicos del microbioma de la piel en diferentes sitios del cuerpo.
• Identificar las especies microbianas activas, sus funciones e interacciones entre especies in situ.

Principales métodos:

• Desarrollo de un nuevo protocolo de metatranscripción cutánea.
• Aplicación en pareja de metatranscriptómica y metagenómica en cinco sitios de la piel de 27 adultos sanos.
• Análisis de ARN y ADN microbianos a nivel de especie y de gen.

Principales resultados:

• El nuevo flujo de trabajo demostró una alta reproducibilidad técnica, una cobertura corporal uniforme de genes y ARNm microbianos enriquecidos.
• Se observó una divergencia significativa entre las abundancias transcriptómicas y genómicas, con Staphylococcus y Malassezia sobrerrepresentados en los metatranscriptomas.
• Identificación de las firmas de adaptación microbiana, la expresión de diversos genes antimicrobianos (incluidas las bacteriocinas) y los genes mediadores de las interacciones microbianas.

Conclusiones:

• El flujo de trabajo de metatranscriptómica cutánea desarrollado es robusto y clínicamente manejable.
• La metatranscriptómica proporciona información sobre las comunidades microbianas activas y las funciones distintas de los datos genómicos.
• Este enfoque revela adaptaciones microbianas in situ, defensas antimicrobianas y complejas interacciones inter-microbianas en la piel.