La congelación de muestras vaginales antes de la purificación del ADN no afecta estadísticamente significativamente...

Área de la Ciencia:

• Microbiología
• La genómica
• Biobanking (Banco de Biología)

Sus antecedentes:

• El análisis del microbioma vaginal es crucial para comprender la salud reproductiva.
• Las condiciones de almacenamiento pueden afectar los perfiles del microbioma, particularmente después del agotamiento del ADN del huésped.
• Existen datos limitados sobre los efectos de las temperaturas de almacenamiento a corto plazo en el microbioma vaginal.

Objetivo del estudio:

• Evaluar el impacto a corto plazo de diferentes temperaturas de almacenamiento (5°C, -20°C, -80°C) en la composición del microbioma vaginal después del agotamiento del ADN del huésped.
• Determinar la estabilidad de los perfiles del microbioma vaginal en condiciones comunes de biobanco.

Principales métodos:

• Las muestras vaginales se almacenaron a 5°C (48 horas), -20°C (3 semanas) o -80°C (3 semanas).
• El ADN del huésped se agotó, y el ADN microbiano fue perfilado usando MetaPhlAn4.
• La diversidad alfa y beta, junto con la abundancia diferencial, se analizaron utilizando métodos estadísticos (Kruskal-Wallis, Wilcoxon, PERMANOVA, ANCOM-BC2).
• Los controles de calidad internos evaluaron la reproducibilidad y el sesgo de almacenamiento.

Principales resultados:

• No se observaron diferencias significativas en la diversidad alfa, en las abundancias relativas generales o en la diversidad beta global entre las condiciones de almacenamiento.
• PERMANOVA indicó una tendencia no significativa hacia la alteración de la estructura de la comunidad con congelación (p=0,061).
• ANCOM-BC2 no identificó ningún taxón diferencialmente abundante entre los grupos.
• Los controles de calidad internos mostraron variaciones menores en las especies gramnegativas de baja abundancia después de la congelación.

Conclusiones:

• La composición del microbioma vaginal permanece en gran medida estable bajo almacenamiento a corto plazo a -20°C y -80°C después del agotamiento del ADN del huésped.
• Estas condiciones de congelación son adecuadas para los flujos de trabajo clínicos y de investigación que implican el análisis del microbioma vaginal.
• Pueden ocurrir cambios sutiles en taxones de baja abundancia o sensibles y requieren una interpretación cautelosa, especialmente en estudios centrados en la estructura fina microbiana o el descubrimiento de biomarcadores.