Jove
Visualize
Contáctanos

Videos de Conceptos Relacionados

Proteomics01:33

Proteomics

7.9K
A proteome is the entire set of proteins that a cell type produces. We can study proteomes using the knowledge of genomes because genes code for mRNAs, and the mRNAs encode proteins. Although mRNA analysis is a step in the right direction, not all mRNAs are translated into proteins.
Proteomics is the study of proteomes' function. It involves the large-scale systematic study of the proteome to denote the protein complement expressed by a genome. Scientist Mark Wilkins coined the term...
7.9K
Peptide Identification Using Tandem Mass Spectrometry01:33

Peptide Identification Using Tandem Mass Spectrometry

6.8K
Tandem mass spectrometry, also known as MS/MS or MS2, is an analytical technique that employs two mass analyzers. Essentially it is a series of mass spectrometers that helps isolate a particular biomolecule and then helps study its chemical properties.
This technique helps gather information regarding the protein from which the peptide was obtained and to study the peptides’ amino acid sequence. Identifying peptides from a complex mixture is an important component of the growing field of...
6.8K

También podría leer

Artículos Relacionados

Artículos vinculados a este trabajo por autores compartidos, revista y gráfico de citas.

Ordenar por
Same author

A Biomimetic Single-Atom Nanozyme With a Substrate Pocket for Accurate and Continuous Sweat Glucose Monitoring.

Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)·2026
Same author

Distinct and Shared Molecular Mechanisms Underlie Morphological-Functional Overcoupling and Undercoupling in Major Depressive Disorder.

Biological psychiatry·2026
Same author

A Catalyst-Free Three-Component Approach to Sulfonated Indole-Fused Diazepinones via SO<sub>2</sub> Insertion.

The Journal of organic chemistry·2026
Same author

Mechanism and Origins of Chemo-, Regio-, and Stereoselectivities in NHC-Catalyzed Reaction of 1-Cyclopropylcarbaldehydes with α-Alkynyl Enals: A Theoretical Study.

The Journal of organic chemistry·2026
Same author

Grade-Dependent Prognostic Value of Classical Clinicopathological Factors in Glioma: A Single-Center Retrospective Study.

Journal of clinical medicine·2026
Same author

Transportation control and epidemic containment: empirical evidence from China's Wuhan lockdown.

Frontiers in public health·2026
Same journal

Light-Induced Proteomic Changes in Pseudomonas aeruginosa Biofilms.

Proteomics·2026
Same journal

Decade-Resolved Proteomic Profiling of Gastric Cancer FFPE Archives: Evaluating Storage-Associated Shifts and Signal Stability Over 50 Years.

Proteomics·2026
Same journal

Proteome-Scale Mining of Metal-Associated Proteins of Monkeypox Virus.

Proteomics·2026
Same journal

Optimized Sample Handling Minimizes Peptide Adsorption to Plastics to Enable High Sensitivity Evosep Based Chemical Proteomics.

Proteomics·2026
Same journal

Toward Predicting Pandemic Potential: A Comparative Analysis of Virus-Host Interactions Between Diverse Influenza A Viruses and the Human Innate Immune System.

Proteomics·2026
Same journal

Functional Divergence of Mucus in Pacific Oyster (Crassostrea gigas): Insights From Integrated Proteomic and Rheological Study.

Proteomics·2026
Ver todos los artículos relacionados
JoVE
x logofacebook logolinkedin logoyoutube logo
ACERCA DE JoVE
Visión GeneralLiderazgoBlogCentro de Ayuda JoVE
AUTORES
Proceso de PublicaciónConsejo EditorialAlcance y PolíticasRevisión por ParesPreguntas FrecuentesEnviar
BIBLIOTECARIOS
TestimoniosSuscripcionesAccesoRecursosConsejo Asesor de BibliotecasPreguntas Frecuentes
INVESTIGACIÓN
JoVE JournalMethods CollectionsJoVE Encyclopedia of ExperimentsArchivo
EDUCACIÓN
JoVE CoreJoVE BusinessJoVE Science EducationJoVE Lab ManualCentro de Recursos para ProfesoresSitio de Profesores
Términos y Condiciones de Uso
Política de Privacidad
Políticas

Video Experimental Relacionado

Updated: Sep 9, 2025

TMT Sample Preparation for Proteomics Facility Submission and Subsequent Data Analysis
07:44

TMT Sample Preparation for Proteomics Facility Submission and Subsequent Data Analysis

Published on: June 8, 2020

12.8K

TDEase: Un marco de software de visualización de datos de código abierto para la caracterización de proteoformas

Yucheng Liao1, Rui Qian2, Mengting Zhang2

  • 1Center For Machine Learning Research, Peking University, Beijing, China.

Proteomics
|August 29, 2025
PubMed
Resumen
Este resumen es generado por máquina.

TDEase simplifica el análisis de proteómica de arriba hacia abajo (TDP) con procesamiento de datos integrado y visualización interactiva. Este marco de código abierto simplifica la caracterización de las proteoformas para los investigadores.

Palabras clave:
Procesamiento y análisis de datosEspectrometría de masasAnálisis de las modificaciones posteriores a la traducciónProteomía de arriba hacia abajo

Más Videos Relacionados

Deep Proteome Profiling by Isobaric Labeling, Extensive Liquid Chromatography, Mass Spectrometry, and Software-assisted Quantification
10:37

Deep Proteome Profiling by Isobaric Labeling, Extensive Liquid Chromatography, Mass Spectrometry, and Software-assisted Quantification

Published on: November 15, 2017

12.1K
Large-scale Top-down Proteomics Using Capillary Zone Electrophoresis Tandem Mass Spectrometry
10:05

Large-scale Top-down Proteomics Using Capillary Zone Electrophoresis Tandem Mass Spectrometry

Published on: October 24, 2018

9.6K

Videos de Experimentos Relacionados

Last Updated: Sep 9, 2025

TMT Sample Preparation for Proteomics Facility Submission and Subsequent Data Analysis
07:44

TMT Sample Preparation for Proteomics Facility Submission and Subsequent Data Analysis

Published on: June 8, 2020

12.8K
Deep Proteome Profiling by Isobaric Labeling, Extensive Liquid Chromatography, Mass Spectrometry, and Software-assisted Quantification
10:37

Deep Proteome Profiling by Isobaric Labeling, Extensive Liquid Chromatography, Mass Spectrometry, and Software-assisted Quantification

Published on: November 15, 2017

12.1K
Large-scale Top-down Proteomics Using Capillary Zone Electrophoresis Tandem Mass Spectrometry
10:05

Large-scale Top-down Proteomics Using Capillary Zone Electrophoresis Tandem Mass Spectrometry

Published on: October 24, 2018

9.6K

Área de la Ciencia:

  • Proteomía
  • La bioquímica
  • Biología computacional

Sus antecedentes:

  • La proteómica de arriba hacia abajo (TDP) permite la caracterización de proteínas intactas y proteoformas.
  • El software TDP existente a menudo presenta flujos de trabajo fragmentados y visualización interactiva limitada.
  • Los usuarios no expertos se enfrentan a desafíos con curvas de aprendizaje pronunciadas en las herramientas actuales de TDP.

Objetivo del estudio:

  • Introducir TDEase, un marco analítico integrado para racionalizar la interpretación de los datos TDP.
  • Mejorar el análisis de datos TDP a través del procesamiento automatizado y la visualización interactiva.
  • Centrarse en la caracterización de proteoformas dirigidas, integrándose inicialmente con el conjunto TopPIC.

Principales métodos:

  • TDEase emplea una arquitectura modular con TDPipe para el procesamiento de datos de varios procesos y TDVis para la visualización interactiva.
  • TDPipe automatiza los algoritmos TDP convencionales a través de una tubería configurable por el usuario para un procesamiento reproducible.
  • TDVis genera paneles dinámicos para la exploración de datos multidimensionales, incluidos mapas de características y análisis PTM.

Principales resultados:

  • Capacidad demostrada de la TDEasa en la identificación de proteoformas y análisis comparativo utilizando conjuntos de datos de histonas.
  • TDPipe garantiza el procesamiento de datos sin interrupciones y reproducible.
  • TDVis y TDVisWeb proporcionan visualización interactiva basada en la web para una exploración de datos mejorada.

Conclusiones:

  • TDEase ofrece una solución integral a los desafíos en la interpretación de los datos TDP.
  • El marco de código abierto de Python facilita el desarrollo futuro y la integración de nuevos tipos de datos.
  • TDEase proporciona a los investigadores herramientas eficientes y accesibles para el análisis de las proteoformas.