Recuperación de ARN de aguas residuales para la secuenciación de viromas mediante ultrafiltración de flujo tangencial...

Área de la Ciencia:

• Virología ambiental
• Epidemiología genómica
• Epidemiología basada en las aguas residuales

Sus antecedentes:

• Las aguas residuales municipales contienen diversos virus de ARN, que representan un riesgo para la salud humana, animal y vegetal.
• La secuenciación genómica de aguas residuales es vital para rastrear patógenos virales y comprender la salud de la comunidad.
• Los métodos de tratamiento de aguas residuales tienen un impacto significativo en los resultados de la secuenciación del viroma de ARN.

Objetivo del estudio:

• Evaluar sistemáticamente la ultrafiltración de flujo tangencial (TFF) y las partículas del microbioma A de nanotrap para la detección y caracterización de virus de ARN en las aguas residuales.
• Comparar la eficacia de los métodos TFF y Nanotrap en la detección del coronavirus 2 del síndrome respiratorio agudo severo (SARS-CoV-2) a través de la secuenciación de amplicones.
• Evaluar el impacto de estos métodos en la secuenciación completa del transcriptoma del viroma de ARN.

Principales métodos:

• Comparación en pares de la ultrafiltración por flujo tangencial (TFF) y de las partículas del microbioma A de la nanotrapa utilizando muestras de aguas residuales.
• Detección del SARS-CoV-2 mediante la secuenciación por amplicón.
• Caracterización del viroma de ARN utilizando secuenciación de escopeta de transcriptoma completo.

Principales resultados:

• Tanto los métodos TFF como Nanotrap recuperaron variantes similares del SARS-CoV-2 a nivel de linaje.
• La optimización de los factores de concentración para TFF y los procedimientos automatizados para Nanotrap fue fundamental para una cobertura de genoma de alta profundidad.
• Los dos métodos enriquecieron viromas de ARN distintos, con TFF mostrando mayores abundancias relativas de Reoviridae y Coronaviridae.

Conclusiones:

• Los métodos de tratamiento de aguas residuales enriquecen diferencialmente los viromas de ARN debido a mecanismos de concentración distintos.
• La selección y optimización del método son fundamentales para un monitoreo genómico preciso de los virus en las aguas residuales.
• Los hallazgos tienen implicaciones para aplicaciones ambientales más amplias de la vigilancia genómica de aguas residuales.