Conocimientos genómicos y bioinformáticos sobre el Enterococcus faecalis de las carnes al por menor en Nigeria

Área de la Ciencia:

• Microbiología
• La genómica
• Seguridad de los alimentos

Sus antecedentes:

• Enterococcus faecalis es un patógeno oportunista clave con creciente resistencia a los antimicrobianos (AMR) y potencial zoonótico.
• La comprensión del panorama genómico de E. faecalis en las fuentes de alimentos es crucial para la salud pública.
• La carne al por menor sirve como un reservorio potencial para los patógenos transmitidos por los alimentos.

Objetivo del estudio:

• Caracterizar los aislamientos de Enterococcus faecalis de la carne al por menor en Nigeria mediante la secuenciación de todo el genoma (WGS).
• Identificar los genes de resistencia a los antimicrobianos (ARG), los factores de virulencia y los elementos genéticos móviles (MGE).
• Determinar las relaciones filogenómicas de los aislados de E. faecalis.

Principales métodos:

• Recolección y procesamiento de 50 muestras de carne cruda (pollo, carne de vacuno, pavo).
• Pruebas de susceptibilidad antimicrobiana de los aislados de E. faecalis recuperados.
• Secuenciación de todo el genoma (WGS) y análisis bioinformático para ARG, genes de virulencia, MGEs y filogenómica.

Principales resultados:

• Se recuperaron diez aislamientos de E. faecalis, principalmente de pollo; todos mostraron resistencia a la clindamicina, la eritromicina y la tetraciclina.
• Los ARG dominantes incluían aac ((6') -aph ((2"), ant ((6) -Ia, lsa ((A), erm ((B), tet ((M) y tet ((L).
• El análisis filogenómico identificó dos linajes principales (ST477, ST16) con agrupación geográfica y reveló la colocalización de ARGs y factores de virulencia con MGEs.

Conclusiones:

• Los aislamientos de E. faecalis transmitidos por los alimentos albergan factores de resistencia a múltiples fármacos y virulencia, lo que representa un riesgo zoonótico.
• La presencia de MGEs facilita la posible transferencia horizontal de genes.
• La vigilancia genómica y el control de la resistencia antimicrobiana en los sistemas alimentarios son esenciales, especialmente en los países de ingresos bajos y medios.