Stereo-seq V2: mapeo espacial del ARN total en las secciones de FFPE con alta resolución

Área de la Ciencia:

• La genómica
• Biología molecular
• Biotecnología

Sus antecedentes:

• La transcriptómica espacial en muestras de parafina fijada en formalina (FFPE) es un desafío.
• Los métodos existentes luchan con la captura y el perfil del ARN en los tejidos clínicos conservados.

Objetivo del estudio:

• Introducir Stereo-seq V2 para la transcriptómica espacial de alta resolución en las muestras de FFPE.
• Mejorar la eficiencia de captura de ARN, la cobertura del cuerpo genético y el perfil de ARN no poliadenilados (poliA).
• Permitir el análisis simultáneo del transcriptoma del huésped y del patógeno.

Principales métodos:

• Se utilizaron primers aleatorios para la captura y secuenciación de ARN in situ en secciones de FFPE.
• Aplicado Stereo-seq V2 a muestras de FFPE de cáncer de mama triple negativo (TNBC).
• Se analizó un modelo de ratón infectado por Mycobacterium tuberculosis (Mtb) para la dinámica de la expresión génica del patógeno huésped.

Principales resultados:

• Se ha obtenido un perfil de ARN de resolución de una sola célula en las secciones de FFPE.
• Se ha demostrado una captura de transcripción imparcial y una cobertura uniforme del cuerpo genético.
• Se identificaron eventos de empalme alternativos específicos del tumor en clones de BCR específicos de TNBC y Mtb en los pulmones infectados.

Conclusiones:

• Stereo-seq V2 ofrece un rendimiento robusto para el análisis de muestras de FFPE.
• La tecnología mejora la sensibilidad para los genes marcadores y el perfil de ARN no poliadenilado (poliA).
• Stereo-seq V2 muestra un potencial significativo para la investigación biomédica y la medicina personalizada.