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RNA-seq

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RNA sequencing, or RNA-Seq, is a high-throughput sequencing technology used to study the transcriptome of a cell. Transcriptomics helps to interpret the functional elements of a genome and identify the molecular constituents of an organism. Additionally, it also helps in understanding the development of an organism and the occurrence of diseases. 
Before the discovery of RNA-seq, microarray-based methods and Sanger sequencing were used for transcriptome analysis. However, while...
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In humans, more than 80% of the genome gets transcribed. However, only around 2% of the genome codes for proteins. The remaining part produces non-coding RNAs which includes ribosomal RNAs, transfer RNAs, telomerase RNAs, and regulatory RNAs, among other types. A large number of regulatory non-coding RNAs have been classified into two groups depending upon their length – small non-coding RNAs, such as microRNA, which are less than 200 nucleotides in length, and long non-coding RNA...
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Bases de datos en línea en ARN circulares

Sachiko Kuwamoto-Imanishi1, Hodaka Fujii2

  • 1Department of Biochemistry and Genome Biology, Hirosaki University Graduate School of Medicine, Hirosaki, Aomori Prefecture, Japan.

Advances in experimental medicine and biology
|August 31, 2025
PubMed
Resumen
Este resumen es generado por máquina.

Los ARN circulares (circRNA) son biomarcadores valiosos para enfermedades como el cáncer. Numerosas bases de datos ahora ayudan a identificar estos ARN no codificantes (ARNc) y sus funciones.

Palabras clave:
La bioinformáticaLa conservaciónLas bases de datosAsociación de enfermedadesAnotación de las funcionesEl interactomaOntologíaAnotación de la secuenciacircRNA (en inglés)

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Área de la Ciencia:

  • La genómica
  • Biología molecular
  • La bioinformática

Sus antecedentes:

  • Los ARN circulares (circRNA) son ARN no codificantes (ncRNA) reconocidos por su papel en la regulación génica y su potencial como biomarcadores de enfermedades.
  • Su capacidad para actuar como esponjas para los ncRNA y las proteínas, junto con la detectabilidad en los fluidos corporales, destaca su importancia clínica.
  • El desarrollo de bases de datos especializadas ha facilitado la identificación y el estudio de los circRNA.

Objetivo del estudio:

  • Proporcionar una visión general de las bases de datos circRNA existentes.
  • Introducir las bases de datos circRNA recientemente disponibles y discutir sus características.
  • Para abordar los desafíos en la nomenclatura y el mantenimiento de la base de datos circRNA.

Principales métodos:

  • Revisión y resumen de las bases de datos circRNA establecidas (por ejemplo, Circ2Traits, circBase).
  • Introducción de las bases de datos circRNA recientemente catalogadas desde Database Commons.
  • Discusión del contenido de la base de datos, incluida la anotación, los datos de interacción, las asociaciones de enfermedades y los perfiles de expresión.

Principales resultados:

  • Se han establecido más de 43 bases de datos de circRNA desde 2013, muchas de las cuales ofrecen anotaciones detalladas y datos de interacción.
  • Las bases de datos ahora incorporan datos de secuenciación de ARN y literatura curada, simplificando la exploración de circRNA en diversas especies, incluidas las plantas.
  • Se destacan las bases de datos clave como Circ2Traits, circBase, CircInteractome, CircNet, CircR2Disease, TSCD y CSCD.

Conclusiones:

  • Un número creciente de bases de datos de circRNA están disponibles, apoyando la investigación de sus roles en diversos procesos biológicos y enfermedades.
  • Estos recursos facilitan la identificación de los circRNA como biomarcadores potenciales, particularmente en oncología.
  • Se necesitan esfuerzos continuos para estandarizar la nomenclatura y garantizar la actualización continua de estas valiosas herramientas de bioinformática.