Bases de datos en línea en ARN circulares

Área de la Ciencia:

• La genómica
• Biología molecular
• La bioinformática

Sus antecedentes:

• Los ARN circulares (circRNA) son ARN no codificantes (ncRNA) reconocidos por su papel en la regulación génica y su potencial como biomarcadores de enfermedades.
• Su capacidad para actuar como esponjas para los ncRNA y las proteínas, junto con la detectabilidad en los fluidos corporales, destaca su importancia clínica.
• El desarrollo de bases de datos especializadas ha facilitado la identificación y el estudio de los circRNA.

Objetivo del estudio:

• Proporcionar una visión general de las bases de datos circRNA existentes.
• Introducir las bases de datos circRNA recientemente disponibles y discutir sus características.
• Para abordar los desafíos en la nomenclatura y el mantenimiento de la base de datos circRNA.

Principales métodos:

• Revisión y resumen de las bases de datos circRNA establecidas (por ejemplo, Circ2Traits, circBase).
• Introducción de las bases de datos circRNA recientemente catalogadas desde Database Commons.
• Discusión del contenido de la base de datos, incluida la anotación, los datos de interacción, las asociaciones de enfermedades y los perfiles de expresión.

Principales resultados:

• Se han establecido más de 43 bases de datos de circRNA desde 2013, muchas de las cuales ofrecen anotaciones detalladas y datos de interacción.
• Las bases de datos ahora incorporan datos de secuenciación de ARN y literatura curada, simplificando la exploración de circRNA en diversas especies, incluidas las plantas.
• Se destacan las bases de datos clave como Circ2Traits, circBase, CircInteractome, CircNet, CircR2Disease, TSCD y CSCD.

Conclusiones:

• Un número creciente de bases de datos de circRNA están disponibles, apoyando la investigación de sus roles en diversos procesos biológicos y enfermedades.
• Estos recursos facilitan la identificación de los circRNA como biomarcadores potenciales, particularmente en oncología.
• Se necesitan esfuerzos continuos para estandarizar la nomenclatura y garantizar la actualización continua de estas valiosas herramientas de bioinformática.