Identificación y caracterización del ARN circular con CircRNAFlow: un enfoque de bioinformática

Área de la Ciencia:

• La genómica
• La bioinformática
• Biología molecular

Sus antecedentes:

• Los ARN circulares (circRNA) son cruciales en la regulación genética y el desarrollo de enfermedades.
• Los circARN funcionan como esponjas de microARN, interactúan con las proteínas de unión al ARN y pueden traducirse.
• La caracterización de estas estructuras cerradas en forma de anillo covalente sigue siendo limitada.

Objetivo del estudio:

• Introducir CircRNAFlow, una tubería Nextflow gratuita y de código abierto para la identificación y caracterización de circRNA in silico.
• Proporcionar un análisis bioinformático exhaustivo de los circRNA utilizando un software integrado de terceros.
• Ofrecer un tutorial para la instalación, ejecución e interpretación de salida de CircRNAFlow.

Principales métodos:

• CircRNAFlow procesa archivos FASTQ emparejados utilizando secuenciación de próxima generación (NGS).
• El proyecto incluye herramientas como FastQC, Flexbar, Bowtie2, STAR, DCC, CircTest, CRAFT, ClusterProfiler y deepTarget.
• Los resultados incluyen informes de comparación de expresión y caracterización funcional de los circRNA identificados.

Principales resultados:

• CircRNAFlow genera tablas e imágenes gráficas que detallan los circRNA identificados y sus caracterizaciones.
• Los informes permiten la comparación de la expresión circRNA con los genes huésped y entre grupos experimentales.
• La caracterización funcional explora las funciones regulatorias a través de herramientas como CRAFT y deepTarget.

Conclusiones:

• CircRNAFlow proporciona una plataforma robusta y fácil de usar para el análisis de circRNA.
• La tubería facilita una comprensión más profunda de las funciones del circRNA en los procesos biológicos y las enfermedades.
• Este recurso, junto con un repositorio GitHub, apoya a los investigadores en bioinformática circRNA.