Video Experimental Relacionado

Updated: Sep 9, 2025

Immunopeptidomics: Isolation of Mouse and Human MHC Class I- and II-Associated Peptides for Mass Spectrometry Analysis

Immunopeptidomics: Isolation of Mouse and Human MHC Class I- and II-Associated Peptides for Mass Spectrometry Analysis

Published on: October 15, 2021

HLA Ligand Atlas DIA: extensión de los recursos inmunopeptidómicos benignos con mayor sensibilidad a través de la

Leon Bichmann^1,2, Ana Marcu^2,3, Daniel Johannes Kowalewski²

¹Center for Systems and Engineering Immunology, Yale University, New Haven, Connecticut, USA leon.bichmann@yale.edu.

Journal for immunotherapy of cancer

|August 31, 2025

Resumen

El Atlas de Ligandos HLA ahora incluye espectrometría de masa de adquisición independiente de datos (DIA), mejorando el mapa del inmunopeptidoma de tejidos no malignos. Esta expansión mejora la sensibilidad y el muestreo espectral para la investigación en inmunología humana.

Área de la Ciencia:

Inmunología
Proteomía
Espectrometría de masas

Sus antecedentes:

El repertorio de péptidos presentado por el antígeno leucocitario humano (HLA), o inmunopeptidoma, es vital para la inmunidad de las células T.
El Atlas de Ligandos HLA previamente mapeó el inmunopeptidoma de tejidos no malignos utilizando la espectrometría de masas de adquisición dependiente de datos (DDA).
Este recurso sirve como referencia para el descubrimiento de antígenos, particularmente en la inmunoterapia del cáncer.

Objetivo del estudio:

Ampliar el Atlas de Ligandos HLA con datos de espectrometría de masas de adquisición independiente de datos emparejados (DIA).
Mejorar la profundidad y el alcance de los análisis posibles con el conjunto de datos HLA Ligand Atlas.
Mostrar las ventajas del DIA sobre el DDA en estudios inmunopeptidómicos.

Principales métodos:

Se generaron 946 pruebas inmunopeptidómicas de DIA HLA de clase I y II a partir de 242 muestras humanas no malignas en 18 sujetos y 29 tejidos.
Se han integrado nuevos datos DIA con los datos DDA existentes del Atlas de Ligandos HLA.
Se realizó una búsqueda en la biblioteca espectral específica del alotipo HLA-A*02:01 para demostrar una sensibilidad superior.

Principales resultados:

El nuevo conjunto de datos amplía significativamente el rango y la profundidad de los análisis para el Atlas de Ligandos HLA.
La espectrometría de masas DIA ofrece ventajas sobre la DDA en el muestreo espectral y la sensibilidad debido al aumento del rango dinámico.
Las transiciones peptídicas de baja intensidad de señal se identificaron de manera más efectiva utilizando DIA.

Conclusiones:

El Atlas de Ligandos HLA ampliado, que incorpora datos de DIA, proporciona un recurso más completo para la inmunología humana.
La espectrometría de masas DIA mejora la identificación y cuantificación de los péptidos presentados por HLA.
Se alienta a los investigadores a volver a analizar los datos combinados de DDA y DIA para futuros estudios inmunológicos.

Palabras clave:

Es autoinmune Antígeno leucocitario humano - HLA La inmunoterapia Infección Complejo mayor de histocompatibilidad - MHC

Más Videos Relacionados

Quantification of Site-specific Protein Lysine Acetylation and Succinylation Stoichiometry Using Data-independent Acquisition Mass Spectrometry

Quantification of Site-specific Protein Lysine Acetylation and Succinylation Stoichiometry Using Data-independent Acquisition Mass Spectrometry

Published on: April 4, 2018

A Spin-Tip Enrichment Strategy for Simultaneous Analysis of N-Glycopeptides and Phosphopeptides from Human Pancreatic Tissues

A Spin-Tip Enrichment Strategy for Simultaneous Analysis of N-Glycopeptides and Phosphopeptides from Human Pancreatic Tissues

Published on: May 4, 2022

Videos de Conceptos Relacionados

Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization (MALDI)

Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization (MALDI)

Matrix-assisted laser desorption ionization (MALDI) is a powerful analytical technique used in mass spectrometry. It enables the identification and characterization of various biomolecules, including proteins, peptides, nucleic acids, and carbohydrates. MALDI spectrometry is widely employed in biological and medical research, as well as in fields like pharmacology and biochemistry.
The analyte of interest, a biomolecule or a mixture of biomolecules, is mixed with a suitable matrix material. The...

Peptide Identification Using Tandem Mass Spectrometry

Peptide Identification Using Tandem Mass Spectrometry

Tandem mass spectrometry, also known as MS/MS or MS2, is an analytical technique that employs two mass analyzers. Essentially it is a series of mass spectrometers that helps isolate a particular biomolecule and then helps study its chemical properties.
This technique helps gather information regarding the protein from which the peptide was obtained and to study the peptides’ amino acid sequence. Identifying peptides from a complex mixture is an important component of the growing field of...