Generación de genomas bacterianos enteros a partir de muestras clínicas utilizando un flujo de trabajo de...

Área de la Ciencia:

• Microbiología
• La genómica
• Enfermedades infecciosas

Sus antecedentes:

• Obtener genomas bacterianos completos de muestras clínicas es difícil debido al ADN humano, la microbiota y los bajos niveles de patógenos.
• Las especies bacterianas y los medios de transporte fastidiosos dificultan los métodos tradicionales basados en cultivos para el diagnóstico de ITS.
• La secuenciación directa del genoma a menudo falla con bajas cargas bacterianas en muestras clínicas.

Objetivo del estudio:

• Desarrollar y validar un método de enriquecimiento objetivo para la secuenciación de todo el genoma de infecciones bacterianas de transmisión sexual (ITS) a partir de muestras clínicas.
• Mejorar la tasa de éxito de la recuperación del genoma para las ITS, especialmente aquellas con bajas cargas patógenas.
• Permitir la vigilancia genómica y el perfil de la resistencia a los antimicrobianos de las ITS bacterianas.

Principales métodos:

• Utilizó un panel de sonda dirigido a cuatro especies de ITS bacterianas para la secuenciación de todo el genoma.
• Implementado enriquecimiento objetivo, un procedimiento de hibridación, antes de la secuenciación del genoma.
• Temperatura de hibridación optimizada para mejorar la recuperación del genoma para muestras difíciles, como las con Mycoplasma genitalium.

Principales resultados:

• Se obtuvieron excelentes datos genómicos de muestras previamente inadecuadas para la secuenciación directa.
• El enriquecimiento objetivo demostró una alta eficacia para la secuenciación del genoma de ITS bacterianas, particularmente con altas cargas patógenas (Ct < 30).
• Se identificó un nuevo linaje de Chlamydia trachomatis lymphogranuloma venereum (ompA-genotipo L4) en Buenos Aires.

Conclusiones:

• El enriquecimiento objetivo es un método altamente eficaz para secuenciar genomas bacterianos de ITS directamente a partir de muestras clínicas.
• Este enfoque mejora las capacidades de vigilancia genómica y ayuda a comprender la resistencia a los antimicrobianos.
• El método facilita el descubrimiento de una nueva diversidad genómica dentro de las ITS bacterianas.