Fenotipización funcional de variantes genómicas mediante secuenciación conjunta de ADN-ARN multicelular

Área de la Ciencia:

• La genómica
• Biología molecular
• Biotecnología

Sus antecedentes:

• Las variantes genéticas impactan significativamente la función y la expresión de los genes, contribuyendo a enfermedades como el cáncer.
• El estudio de las variantes genéticas endógenas es un desafío debido a las limitaciones en las herramientas de edición de genes y el vínculo de expresión de genotipo a gen en la resolución de una sola célula.

Objetivo del estudio:

• Desarrollar un método para perfilar simultáneamente las variantes genéticas y la expresión génica a resolución de una sola célula.
• Para vincular con precisión las variantes genéticas codificantes y no codificantes a sus efectos en la expresión génica.

Principales métodos:

• Desarrollo de la secuenciación de ADN-ARN de una sola célula (SDR-seq).
• Perfilamiento simultáneo de hasta 480 loci y genes de ADN genómico en miles de células individuales.
• Determinación de la zigosidad variante y cambios asociados en la expresión génica.

Principales resultados:

• SDR-seq determina con precisión la zigosidad de las variantes codificantes y no codificantes y la expresión génica asociada.
• Se asociaron patrones distintos de expresión génica con variantes codificantes y no codificantes en células madre pluripotentes inducidas en humanos.
• El aumento de la carga mutacional en el linfoma de células B se correlacionó con un aumento de la señalización de los receptores de células B y la expresión génica tumorigénica.

Conclusiones:

• SDR-seq es una poderosa plataforma para diseccionar los mecanismos reguladores de las variantes genéticas.
• El estudio avanza en la comprensión de la regulación de la expresión génica y su papel en la enfermedad.
• Este método permite vincular los genotipos a la expresión génica en resolución de una sola célula para la investigación de enfermedades.