SBMLtoOdin y menelmacar: Visualización interactiva de modelos de biología de sistemas para audiencias expertas y no...

Área de la Ciencia:

• Biología computacional
• Biología de los sistemas
• La bioinformática

Sus antecedentes:

• Los modelos computacionales son cruciales para comprender los sistemas biológicos y hacer predicciones.
• La accesibilidad y la reutilización de estos modelos a menudo se limitan a los expertos debido a los complejos requisitos de implementación.
• Los métodos actuales requieren habilidades especializadas de programación y matemáticas, lo que dificulta una adopción científica más amplia.

Objetivo del estudio:

• Mejorar la accesibilidad y la reutilización de modelos biológicos computacionales.
• Permitir a los investigadores, incluidos los no expertos, simular e investigar fácilmente modelos biológicos.
• Para cerrar la brecha entre las notaciones matemáticas complejas y la aplicación práctica del modelo.

Principales métodos:

• Desarrollo de SBMLtoOdin, un paquete R para traducir modelos de lenguaje de marcado de biología de sistemas (SBML) en código R ejecutable utilizando el paquete 'odin'.
• Creación de Menelmacar, una aplicación basada en la web para la visualización interactiva y la simulación de estos modelos directamente en el navegador.
• Aprovechando la base de datos BioModels para una amplia gama de modelos de ecuaciones diferenciales.

Principales resultados:

• SBMLtoOdin convierte con éxito los modelos SBML en código R reutilizable, lo que facilita la integración y el análisis del modelo.
• Menelmacar ofrece una interfaz intuitiva para que los no programadores interactúen y exploren modelos biológicos complejos.
• Las herramientas desarrolladas reducen significativamente la barrera de entrada para la utilización de modelos computacionales en la investigación biológica.

Conclusiones:

• SBMLtoOdin y Menelmacar mejoran la utilidad y la accesibilidad de los modelos computacionales en biología.
• Estas herramientas permiten a una gama más amplia de investigadores aprovechar las técnicas avanzadas de modelado para la investigación científica.
• Facilitar la reutilización del modelo y la exploración interactiva acelera el descubrimiento y la comprensión biológicos.