Estudio computacional de los SNPs nocivos en el gen USH1G implicado en el síndrome de Usher

Área de la Ciencia:

• Genética y Biología Molecular
• Biología computacional
• Oftalmología y audiología

Sus antecedentes:

• El síndrome de Usher es un trastorno genético que causa pérdida de audición y visión.
• Las mutaciones en el gen USH1G, que codifica la proteína SANS, están relacionadas con el síndrome de Usher.
• La proteína SANS es vital para la función sensorial de las células.

Objetivo del estudio:

• Para analizar computacionalmente el impacto de los polimorfismos de nucleótido único (SNPs) en el gen USH1G.
• Identificar los SNPs específicos que pueden causar efectos patógenos en la proteína SANS.
• Comprender cómo estas variaciones genéticas afectan la estabilidad y la dinámica de las proteínas.

Principales métodos:

• Se han seleccionado y filtrado SNP sin sentido de la base de datos de Ensembl.
• Utilizó múltiples herramientas computacionales (SIFT, PolyPhen-2, MetaLR, BayesDel_addAF, MutationTaster) para predecir la patogenicidad del SNP.
• Se evaluó la estabilidad de las proteínas utilizando herramientas como CUPSAT, DUET, I-stable, I-Mutant, MUpro y E-SNPs&GO.
• Determinación de la conservación mediante el método NCBI BLASTP.
• Se han realizado simulaciones de dinámica molecular (DM) en SNPs impactantes identificados.
• Se analizaron los datos de simulación de MD (RMSD, RMSF, Rg, PCA, FEL) y se utilizó la prueba de suma de rango de Wilcoxon.

Principales resultados:

• Se identificaron 5 SNPs potencialmente patógenos en USH1G: L396P, L426F, G434W, R436Q y R446Q.
• Se predijo que estos SNPs tendrían un impacto en la estabilidad y función de la proteína SANS.
• Las simulaciones de MD revelaron alteraciones significativas en la dinámica de las proteínas debido a estas mutaciones.

Conclusiones:

• Los SNPs identificados en USH1G pueden contribuir a la patogénesis del síndrome de Usher al desestabilizar la proteína SANS.
• Este enfoque computacional proporciona un marco valioso para predecir mutaciones perjudiciales.
• Los hallazgos pueden guiar futuras validaciones experimentales y estrategias terapéuticas para el síndrome de Usher.