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Ligado de doble sonda in situ con amplificación de círculo rodante para transcriptómica espacial de alto complejo

  • 0Portal Bioscience, LLC, Baltimore, MD, 21205, USA.
Biochemistry and Biophysics Reports +

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2 de septiembre de 2025

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2 de septiembre de 2025

Ver abstracta en PubMed

Resumen

Este resumen es generado por máquina.

Este estudio introduce la hibridación por ligadura in situ seguida de la amplificación por círculo rodante (LISH-LnR), un nuevo método de transcriptómica espacial. Mapea con precisión el ARNm en tejidos degradados fijados en formalina y parafina, avanzando en conocimientos biológicos de muestras clínicas.

Área De La Ciencia

  • Biología molecular
  • La genómica
  • Biotecnología

Sus Antecedentes

  • La comprensión de la arquitectura del tejido es crucial para las ideas biológicas.
  • Las tecnologías de transcriptómica espacial son vitales para el estudio de la arquitectura de los tejidos.
  • Los tejidos fijados en formalina y incrustados en parafina (FFPE) están ampliamente disponibles, pero son un desafío para la transcriptómica debido a la degradación del ARNm.

Objetivo Del Estudio

  • Desarrollar un método simplificado para el análisis transcriptómico espacial de tejidos de FFPE.
  • Detectar con precisión las isoformas específicas de ARNm dentro de las arquitecturas de los tejidos FFPE.
  • Permitir estudios transcriptómicos espaciales altamente multiplexados en muestras clínicas.

Principales Métodos

  • Se desarrolló la Ligation In Situ Hybridization seguida de la amplificación del círculo rodante (LISH-LnR).
  • La hibridación iterativa de la sonda fluorescente y las imágenes se emplearon para la detección multiplexada.
  • Se utilizaron reostáticos moleculares para ajustar el rendimiento del ensayo.

Principales Resultados

  • LISH-LnR detecta con precisión las ubicaciones espaciales de las isoformas específicas de ARNm en los tejidos FFPE.
  • El método se demostró con éxito en muestras de FFPE de pacientes con miositis de cuerpo de inclusión y rabdomiosarcoma pediátrico.
  • El rendimiento del ensayo LISH-LnR se ajustó con éxito utilizando reostáticos moleculares.

Conclusiones

  • LISH-LnR proporciona un poderoso conjunto de herramientas para la transcriptómica espacial en muestras clínicas de FFPE.
  • Esta metodología mejora el análisis del ARNm degradado en tipos de tejidos difíciles.
  • Combinado con LISH-seq y LISH-QC, LISH-LnR avanza en el campo de la transcriptómica espacial.