Ligado de doble sonda in situ con amplificación de círculo rodante para transcriptómica espacial de alto complejo

Área de la Ciencia:

• Biología molecular
• La genómica
• Biotecnología

Sus antecedentes:

• La comprensión de la arquitectura del tejido es crucial para las ideas biológicas.
• Las tecnologías de transcriptómica espacial son vitales para el estudio de la arquitectura de los tejidos.
• Los tejidos fijados en formalina y incrustados en parafina (FFPE) están ampliamente disponibles, pero son un desafío para la transcriptómica debido a la degradación del ARNm.

Objetivo del estudio:

• Desarrollar un método simplificado para el análisis transcriptómico espacial de tejidos de FFPE.
• Detectar con precisión las isoformas específicas de ARNm dentro de las arquitecturas de los tejidos FFPE.
• Permitir estudios transcriptómicos espaciales altamente multiplexados en muestras clínicas.

Principales métodos:

• Se desarrolló la Ligation In Situ Hybridization seguida de la amplificación del círculo rodante (LISH-LnR).
• La hibridación iterativa de la sonda fluorescente y las imágenes se emplearon para la detección multiplexada.
• Se utilizaron reostáticos moleculares para ajustar el rendimiento del ensayo.

Principales resultados:

• LISH-LnR detecta con precisión las ubicaciones espaciales de las isoformas específicas de ARNm en los tejidos FFPE.
• El método se demostró con éxito en muestras de FFPE de pacientes con miositis de cuerpo de inclusión y rabdomiosarcoma pediátrico.
• El rendimiento del ensayo LISH-LnR se ajustó con éxito utilizando reostáticos moleculares.

Conclusiones:

• LISH-LnR proporciona un poderoso conjunto de herramientas para la transcriptómica espacial en muestras clínicas de FFPE.
• Esta metodología mejora el análisis del ARNm degradado en tipos de tejidos difíciles.
• Combinado con LISH-seq y LISH-QC, LISH-LnR avanza en el campo de la transcriptómica espacial.