Un punto de referencia de los métodos para la secuenciación del genoma completo del SARS-CoV-2 y el desarrollo de un...

Área de la Ciencia:

• Virología
• La genómica
• Biología molecular

Sus antecedentes:

• La pandemia de COVID-19, causada por el SARS-CoV-2, requiere una vigilancia viral robusta debido a las mutaciones en curso que afectan a las intervenciones de salud pública.
• La secuenciación completa del genoma es crucial para rastrear la evolución del virus y los patrones de transmisión.

Objetivo del estudio:

• Para comparar la eficiencia de diferentes enfoques de secuenciación del genoma completo del SARS-CoV-2.
• Evaluar el rendimiento de la secuenciación en varias cargas virales y tipos de muestras.

Principales métodos:

• Análisis comparativo de los protocolos ARTIC y Entebbe utilizando variantes sintéticas y de cultivo celular del SARS-CoV-2.
• Evaluación del rendimiento del amplicón de PCR, la integridad del genoma y la precisión de las llamadas de linaje.
• Desarrollo y prueba de un nuevo método ARTIC-Amp que utiliza la amplificación del círculo rodante.

Principales resultados:

• Los protocolos ARTIC demostraron un rendimiento de amplicón de PCR y una precisión de identificación de linaje superiores en comparación con el protocolo de Entebbe.
• El protocolo SNAP logró una alta integridad del genoma con genomas sintéticos, mientras que los protocolos ARTIC sobresalieron con variantes de cultivo celular en diferentes cargas virales.
• El nuevo método ARTIC-Amp logró una cobertura genética del 100%, superando al protocolo ARTIC estándar en experimentos de prueba de principio.

Conclusiones:

• El protocolo ARTIC es un método robusto para la secuenciación del genoma completo del SARS-CoV-2.
• El método ARTIC-Amp ofrece un rendimiento y una cobertura de amplicones mejorados, particularmente beneficiosos para muestras con ARN viral limitado, como las muestras de aguas residuales.