Construir y utilizar las poblaciones de tipo celular del Atlas de Referencia Humano

Área de la Ciencia:

• La anatomía humana
• Biología celular
• La bioinformática

Sus antecedentes:

• El cuerpo humano comprende billones de células a través de diversos tipos y estructuras anatómicas.
• Los atlas existentes ofrecen datos cuantitativos limitados de poblaciones de tipo celular dentro de contextos anatómicos específicos.
• Se necesitan métodos escalables y reproducibles para mapear los tipos de células en todo el cuerpo humano.

Objetivo del estudio:

• Desarrollar un marco cuantitativo en 3D de poblaciones de tipo celular humano dentro de estructuras anatómicas.
• Para crear el conjunto de datos del Atlas de Referencia Humana de Población de Tipo Celular (HRApop).
• Permitir la predicción de las distribuciones de tipo celular en volúmenes tridimensionales y orígenes de tejidos.

Principales métodos:

• Se utilizaron datos de transcriptómica y proteómica de célula única (sc) de alta calidad.
• Se emplean flujos de trabajo escalables y reproducibles para la anotación del tipo de célula (CTann) utilizando Azimuth, CellTypist y popV.
• Se han integrado 662 conjuntos de datos de sc-transcriptómica y 104 conjuntos de datos de sc-proteómica, totalizando más de 27 millones de células.
• Datos registrados espacialmente en 230 ubicaciones en 17 órganos.

Principales resultados:

• HRApop v1.0 proporciona poblaciones de tipo celular de referencia para 73 estructuras anatómicas (112 específicas por sexo).
• Tipos celulares cuantificados y expresión de biomarcadores para más de 11 millones de células a partir de datos transcriptómicos.
• Los datos de proteómica integrada demostraron la generalización de los métodos de anotación.
• El conjunto de datos HRApop incluye un total de 27,619,613 celdas.

Conclusiones:

• HRApop ofrece un mapa cuantitativo en 3D de las poblaciones de tipo celular humano.
• Este recurso facilita las predicciones de las distribuciones celulares dentro del cuerpo humano.
• HRApop permite determinar el origen espacial de las muestras de tejido basándose en poblaciones celulares.