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Chromatin Immunoprecipitation- ChIP02:36

Chromatin Immunoprecipitation- ChIP

9.5K
Chromatin immunoprecipitation, or ChIP, is an antibody-based technique used to identify sites on DNA that bind to transcription factors of interest or histone proteins. It also helps determine the type of histone modifications such as acetylation, phosphorylation, or methylation.
Types of ChIP
ChIP can be divided into two types - X-ChIP and N-ChIP. X-ChIP involves in vivo cross-linking of histones and regulatory proteins to DNA, fragmenting the DNA by sonication, and isolating the protein-DNA...
9.5K

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Optimizado ChIP-exo para células de mamíferos y células de flujo de secuenciación con patrones

Daniela Q James1, Sohini Mukherjee1, C Caiden Cannon1

  • 1Center for Eukaryotic Gene Regulation, Department of Biochemistry and Molecular Biology, The Pennsylvania State University, University Park, PA 16802, USA.

bioRxiv : the preprint server for biology
|September 2, 2025
PubMed
Resumen

Presentamos un protocolo simplificado de ChIP-exo optimizado para mamíferos (MO-ChIP-exo) para el mapeo de interacción proteína-ADN de todo el genoma de alta resolución. Este método optimizado supera los obstáculos técnicos anteriores, mejorando la accesibilidad para la investigación de células de mamíferos.

Palabras clave:
CTCF (en inglés)ChIP-exo (en inglés)Sistema de gestión nacionalEl año 2000Cromatina y sus derivadosInmunoprecipitación de la cromatinaSonication (Sonificación por sonido)

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Área de la Ciencia:

  • Biología molecular
  • La genómica
  • La epigenética

Sus antecedentes:

  • La inmunoprecipitación de cromatina (ChIP) junto con la digestión de la exonucleasa (ChIP-exo) ofrece un análisis de interacción proteína-ADN de todo el genoma de alta resolución.
  • La adopción generalizada de ChIP-exo está limitada por protocolos largos, reactivos personalizados y incompatibilidades con la plataforma de secuenciación.

Objetivo del estudio:

  • Optimizar y adaptar el protocolo de construcción de la biblioteca ChIP-exo para las células de mamíferos y las tecnologías de secuenciación actuales.
  • Desarrollar un protocolo ChIP-exo optimizado para mamíferos (MO-ChIP-exo) robusto y eficiente.

Principales métodos:

  • Optimización sistemática de los pasos de enlace cruzado, recolección de células y construcción de la biblioteca de ADN.
  • Adaptación del protocolo tanto para la suspensión (K562) como para las líneas celulares de mamíferos adherentes (HepG2, mESC).
  • Validación a través de la comparación con los protocolos ChIP-exo existentes.

Principales resultados:

  • El protocolo MO-ChIP-exo simplifica significativamente la preparación de las bibliotecas.
  • Ha demostrado adaptabilidad y eficiencia en diversos tipos de células de mamíferos.
  • Generación exitosa de bibliotecas ChIP-exo de alta calidad adecuadas para las plataformas de secuenciación actuales.

Conclusiones:

  • El protocolo MO-ChIP-exo aborda efectivamente los desafíos técnicos asociados con el estándar ChIP-exo.
  • Proporciona un método más accesible, robusto y eficiente para el mapeo de alta resolución de las interacciones proteína-ADN en los sistemas de mamíferos.
  • Facilita una aplicación más amplia de ChIP-exo en estudios genómicos y epigenómicos.