Encontrar la arquitectura de la cromatina específica de la ascendencia en la enfermedad de Alzheimer

Área de la Ciencia:

• La genómica
• La epigenética
• La neurociencia

Sus antecedentes:

• El riesgo genético de la enfermedad de Alzheimer (EA) difiere significativamente en diversas poblaciones.
• La comprensión de los mecanismos epigenéticos subyacentes al riesgo de EA específico de la ascendencia es crucial.

Objetivo del estudio:

• Investigar si las variaciones tridimensionales de la arquitectura del genoma contribuyen al riesgo genético específico de la enfermedad de Alzheimer (EA).
• Explorar nuevos conocimientos epigenéticos sobre los factores de riesgo específicos de la enfermedad de Alzheimer en la población.

Principales métodos:

• Se realizaron análisis Hi-C en tejido de la corteza frontal de individuos con ascendencia africana (AF) y europea (UE) portadores del genotipo APOE ε4/ε4.
• Datos ATAC-seq y RNA-seq integrados de un solo núcleo para correlacionar la estructura del genoma 3D con la expresión génica y la accesibilidad de la cromatina.
• Utilizó la tubería DeepLoop para la identificación del bucle de cromatina y el análisis HiC-QTL.

Principales resultados:

• Se identificaron diferencias significativas específicas de la ascendencia en la arquitectura del genoma 3D tanto a nivel de compartimiento como de bucle de cromatina.
• Los genomas de la UE exhibieron compartimentos más activos y bucles más grandes enriquecidos con CTCF en comparación con los genomas de AF.
• Los genes expresados diferencialmente entre los antepasados de AF y EU se enriquecieron significativamente en los loci de bucle específicos de la ascendencia (p<2,2×10-16).

Conclusiones:

• Existen variaciones en la estructura del genoma 3D entre los ancestros africanos y europeos.
• Estas diferencias genómicas estructurales están asociadas con patrones de expresión génica específicos de la ascendencia.
• Los hallazgos sugieren que las variaciones de la arquitectura del genoma 3D pueden desempeñar un papel en el riesgo genético específico de la enfermedad de Alzheimer.