La integración de conjuntos de datos de una sola célula y un solo núcleo mejora la deconvolución masiva de secuencias...

Área de la Ciencia:

• Biología computacional
• La genómica
• La bioinformática

Sus antecedentes:

• La deconvolución de la secuenciación de ARN en masa (ARN-seq) a menudo se basa en las referencias de secuenciación de ARN de una sola célula (scRNA-seq).
• Algunos tipos de células se detectan exclusivamente por secuenciación de ARN de un solo núcleo (snRNA-seq), pero su uso directo como referencia puede disminuir la precisión de desconvolución debido a la captura de transcripción solo nuclear.

Objetivo del estudio:

• Para evaluar sistemáticamente las estrategias para la integración de datos snRNA-seq y scRNA-seq para la deconvolución masiva de ARN-seq.
• Identificar enfoques óptimos de filtrado y transformación de genes para armonizar las referencias de snRNA-seq con los datos de scRNA-seq.

Principales métodos:

• Cambios evaluados basados en componentes principales, autoencoders variacionales (scVI) y filtrado de expresión génica diferencial (DEG).
• Métodos comparados en cuatro tejidos diferentes y rendimiento comparado con referencias de scRNA-seq-only.
• Evaluación de la robustez utilizando muestras reales de masa adiposa sin la verdad del terreno.

Principales resultados:

• Todos los métodos probados mejoraron la precisión de la desconvolución en comparación con el snRNA-seq no transformado.
• El filtrado de DEGs de modalidad cruzada consistentes produjo las mayores ganancias de rendimiento, a menudo igualando o superando las referencias de scRNA-seq-only.
• El scVI condicional funcionó de manera comparable, demostrando su eficacia cuando los tipos celulares coincidentes no estaban disponibles.

Conclusiones:

• Se debe dar prioridad al scRNA-seq como referencia primaria para la deconvolución de ARN a granel cuando esté disponible.
• Integrar los datos de la secuencia de snRNA después de filtrar los DEG de modalidad cruzada para una mayor precisión.
• El scVI condicional sirve como una alternativa práctica para los sistemas menos caracterizados, lo que permite una precisión cercana al scRNA-seq en la deconvolución.