Comparación de iSeq y Miseq en el análisis del microbioma intestinal humano basado en la secuenciación del ARNr 16S

Área de la Ciencia:

• Microbiología
• La genómica
• La bioinformática

Sus antecedentes:

• La plataforma Illumina MiSeq es ampliamente adoptada para la secuenciación de genes de ARNr 16S en la investigación del microbioma, lo que facilita la comparación de resultados.
• El costo y la accesibilidad del equipo pueden requerir enfoques alternativos de secuenciación, como los kits MiSeqNano o los secuenciadores iSeq de nivel básico.
• El impacto de estas diferentes plataformas en los resultados del análisis del microbioma sigue sin caracterizarse en gran medida debido a las variaciones en los diseños y metodologías de los estudios.

Objetivo del estudio:

• Evaluar la consistencia del rendimiento de las plataformas MiSeq, MiSeqNano e iSeq de Illumina para la secuenciación de amplicones de genes de ARNr 16S.
• Determinar si las diferentes plataformas Illumina producen resultados comparables en el análisis del microbioma, centrándose en la diversidad y la composición taxonómica.
• Evaluar la idoneidad de MiSeqNano e iSeq como alternativas rentables a MiSeq para los estudios del microbioma.

Principales métodos:

• Se preparó una única biblioteca de amplicones de genes de ARNr 16S a partir de 60 muestras fecales de un estudio de intervención con suplementos dietéticos.
• La biblioteca preparada fue secuenciada en tres plataformas Illumina: MiSeq, MiSeqNano e iSeq.
• El rendimiento de la plataforma se evaluó mediante el análisis de la diversidad alfa, la diversidad beta, la composición taxonómica y la abundancia taxonómica diferencial.

Principales resultados:

• La plataforma iSeq demostró un rendimiento superior en la detección de la diversidad alfa y la abundancia diferencial en comparación con MiSeqNano.
• MiSeqNano ofrecía una mayor resolución taxonómica que la plataforma iSeq.
• A pesar de las diferencias específicas de la plataforma en ciertas métricas, las tres plataformas revelaron patrones biológicos básicos similares en la diversidad alfa y beta y la composición taxonómica general.

Conclusiones:

• Es probable que las plataformas MiSeq, MiSeqNano e iSeq de Illumina produzcan conclusiones biológicas comparables en estudios de microbioma basados en genes de ARNr 16S.
• La elección de la plataforma de secuenciación puede depender de preguntas de investigación específicas, la resolución taxonómica deseada y consideraciones logísticas o de costos.
• Estos hallazgos apoyan el uso de MiSeqNano e iSeq como alternativas viables para el análisis del microbioma, ampliando la accesibilidad a la secuenciación de genes de ARNr 16S.