Asimetría consistente en los artefactos de daño de ADN en las regiones objetivo en los datos de secuenciación de...

Área de la Ciencia:

• La genómica
• Biología molecular
• La bioinformática

Sus antecedentes:

• El daño oxidativo al ADN puede conducir a mutaciones G>T durante la replicación.
• La asimetría de hebras en la secuenciación de exomas, caracterizada por desajustes G> T sin los desajustes C> A correspondientes, es un artefacto conocido.
• Esta asimetría se utiliza a menudo para identificar posibles errores de secuenciación en la detección de variantes somáticas.

Objetivo del estudio:

• Investigar la fuente y las implicaciones de la asimetría de hebras en los datos de secuenciación de exomas.
• Para determinar si los patrones de asimetría pueden indicar con fiabilidad artefactos de daño oxidativo.
• Evaluar la prevalencia de dichos artefactos en diferentes cohortes de secuenciación del cáncer.

Principales métodos:

• Análisis de la asimetría de las hebras en los datos de secuenciación de exomas de varias cohortes.
• Comparación de patrones de asimetría entre la secuenciación del exoma y los datos de secuenciación de todo el genoma.
• Cuantificación de los desajustes G>T y su relación con la asimetría en las llamadas de variantes somáticas.

Principales resultados:

• Se observó una asimetría de hebras, a menudo consistente en las regiones de captura objetivo.
• Algunos conjuntos de datos mostraron asimetría en relación con la hebra delantera, mientras que otros la exhibieron en relación con la hebra de transcripción.
• La asimetría fue menos consistente en la secuenciación de todo el genoma, lo que sugiere un vínculo con los métodos de captura de exomas.
• Los altos niveles de asimetría se asociaron con artefactos de daño oxidativo en las llamadas de variantes somáticas.
• Una cohorte (tumores de células germinales testiculares) mostró aproximadamente el 50% de las mutaciones somáticas G> T probablemente debidas a daño oxidativo.

Conclusiones:

• Las sondas de captura de exoma de cadena única se proponen como la causa de la asimetría observada, no la oxidación en sí misma.
• La asimetría significativa de las hebras puede servir como un marcador de artefactos de daño oxidativo en la secuenciación de exomas.
• Los hallazgos destacan la necesidad de considerar cuidadosamente la secuenciación de artefactos en la genómica del cáncer, especialmente en tipos específicos de tumores.