EASYstrata: un flujo de trabajo todo en uno para la anotación del genoma y el análisis de divergencias genómicas

Área de la Ciencia:

• La genómica
• Biología evolutiva
• La bioinformática

Sus antecedentes:

• La disponibilidad de nuevos genomas y transcriptomas de referencia presenta oportunidades para estudios evolutivos.
• Los desafíos permanecen en la anotación del genoma, la inferencia evolutiva y la estandarización metodológica.

Objetivo del estudio:

• Desarrollar un flujo de trabajo estandarizado y fácil de usar para los análisis evolutivos.
• Facilitar la detección de la supresión de la recombinación y sus consecuencias genómicas.

Principales métodos:

• El flujo de trabajo de EASYstrata integra múltiples herramientas bioinformáticas.
• Detecta elementos transponibles, anota genomas, infiere la ortología de genes, calcula la divergencia de secuencias e identifica estratos evolutivos y reordenamientos estructurales.

Principales resultados:

• EASYstrata se aplicó para volver a anotar 42 genomas de hongos * Microbotryum *.
• El flujo de trabajo recuperó con éxito los estratos evolutivos descritos anteriormente en estudios de casos de plantas y animales.

Conclusiones:

• EASYstrata agiliza el análisis de la supresión de la recombinación y su impacto en la evolución del genoma.
• El flujo de trabajo es aplicable a cualquier par de haplotipos y es beneficioso para el estudio de especies no modelo con genomas diploides en fase recientemente disponibles.